توقف التنفس أثناء النوم الذي ينتج عن ضيق في مجرى التنفس العلوي (البلعوم) أثناء النوم ومن أعراضه الشخير وتقطع النوم والاختناق (الشرقة) أثناء النوم وزيادة النعاس بالنهار له مضاعفات تصيب عدداً من أعضاء الجسم المهمة. ومن الأعضاء التي تتأثر بالشخير وتوقف التنفس أثناء النوم الجهاز الهضمي. وتأثر الجهاز الهضمي يمكن أن يكون على عدة مستويات منها ارتجاع أو ارتداد الحمض المريئي. والسبب في ذلك أن انسداد البلعوم يمنع دخول الهواء إلى الصدر، لذلك ومع كل محاولة للتنفس وسحب الهواء من قبل النائم يحدث نقص شديد في الضغط داخل التجويف الصدري قد يصل إلى - 60 مل زئبق وهذا الضغط السالب يعمل على سحب الحمض من المعدة إلى المريء غير المهيأ لاستقبال الحمض. لذلك يسبب الحمض التهابا في الغشاء المبطن للمريء وقد يسبب تقرحات شديدة. وتزداد أعراض الحموضة عند المصابين عند الاستيقاظ من النوم وقد تسبب الاستيقاظ المتكرر. وتدخل هذه التغيرات المريض في دائرة مفرغة حيث إن ارتجاع الحمض من المعدة إلى المريء والذي قد يصل إلى الحلق يزيد من الشخير ومن ثم توقف التنفس أثناء النوم الذي يزيد بدوره ارتجاع الحمض. كما أن وصول الحمض إلى البلعوم يسبب انقباضا حادا وشديدا في عضلات الحلق مما ينتج عنه اختناق شديد. لذلك على الذين يعانون من الحموضة الليلية التأكد من عدم إصابتهم بتوقف التنفس أثناء النوم كما يجب على الأطباء التأكد من أن المصابين بتوقف التنفس أثناء النوم لا يعانون من ارتجاع الحمض.