تضم مكتبة المسجد النبوي الشريف مخطوطات موغلة قدما تمتد إلى ألف عام، تؤكد أن المدينةالمنورة كانت ومازالت منارة علم ومعرفة، وذكر وكيل الرئيس العام للمكتبات والشؤون الثقافية بوكالة المسجد النبوي رشيد بن مسعد الرفيعي أن المكتبة تحوي مخطوطات نادرة وقيمة يقدر عددها ب 452 مخطوطة أصلية، و 60 ألف مخطوط رقمي و 4600 مخطوطة مصورة، بالإضافةإلى 250 مصحفا مخطوطا ، و 200 مصحف مطبوع، و 7 آلاف كتاب نادر، مضيفا: يستخدم للمحافظة عليها من التلف جهاز تعقيم المخطوطات يعمل بغاز الأوزون ويعد الأحدث في مجال تعقيم الكتب والمخطوطات، ويستغرق الجهاز خلال فترة التعقيم من 24 إلى 48 ساعة بحسب حالة المخطوط حيث يتم تعقيم ما يقارب ألف ورقة شهريا، و 400 كتاب شهريا وذلك للمحافظة عليها من التمزق والتلف، مشيرا إلى أن أكثر من 100 ألف زائر يقصدون قسم المخطوطات سنويا، وذلك للاستفادة من الكتب الموجودة والمخطوطات الثمينة والخدمات المقدمة في مكتبة الحرم الشريف.