تساهم المخطوطات التاريخية الإسلامية في حفظ التراث ونشر الثقافة على مدى قرون، وقد عني المسلمون بالمخطوطات عناية كبيرة حفاظا على ما أنتجه العقل الإسلامي، وتقوم وكالة المسجد النبوي من خلال إدارة مختصة تابعة لها بالعناية بالمخطوطات التاريخية النادرة وترميمها. مهام إدارة المخطوطات وتحوي إدارة المخطوطات مجموعتين رئيستين هما المخطوطات والكتب النادرة اللتان تشكلان الصلة والامتداد التاريخي، وهما أثمن ما تحويه المكتبة وحجر الأساس في تكوينها، وتعمل الإدارة على حفظ ونشر التراث العلمي الإسلامي المخطوط والمطبوع، إضافة إلى تقديم الخدمات الجليلة للباحثين وطلاب العلم وجميع المهتمين بالتراث الإسلامي، وتقع إدارة المخطوطات في المسجد النبوي بالقرب من باب عثمان بن عفان رضي الله عنه، وتستقبل سنويًا أكثر من 60 ألف زائر تقريباً، وتضم الإدارة معرضا للمصاحف المخطوطة والمخطوطات الأصلية النادرة والعديد من اللوحات المنوعة وغيرها من المقتنيات الأثرية. حفظ المخطوطات تتميز إدارة المخطوطات بوجود قسم لصيانة وترميم المخطوطات مزودة بأحدث أجهزة التعقيم بغاز الأوزون والتنظيف الجاف ومختبر للمعالجة الكيميائية لجميع المخطوطات النادرة، كما يتم تعقيم جميع المخطوطات والكتب النادرة بصفة دورية وفق جدول زمني معين وقد تم ترميم ما يقارب 90 من المخطوطات الأصلية والكتب النادرة، وللحفاظ على التراث الإسلامي، وفرت الوكالة خزائن ودواليب حديدية حديثة مخصصة لحفظ المخطوطات، ومقاومة للحريق وتتحمل درجات حرارة عالية بالإضافة إلى توفير أحدث الأجهزة لامتصاص الرطوبة لتحمي الكتب القديمة والأثرية من أي عوامل تؤدي إلى تلفها. 600 مصحف مخطوط وتضم إدارة المخطوطات أكثر من 600 مصحف مخطوط من أنفس وأندر المصاحف المخطوطة حول العالم والتي تمتاز بإبداع خطوطها وإتقان رسومها وزخارفها الإسلامية الملونة والمذهبة بأرقى ما تكون عليه الكتب الفاخرة بالإضافة إلى أكثر من 250 مصحفا مطبوعا من المصاحف النادرة والمطبوعة قديما، كما تضم إدارة المخطوطات أكثر من 1040 مجلدا من المخطوطات الأصلية المفردة والمخطوطات النادرة والأثرية وعددا كبيرا من المخطوطات المميزة بزخارفها وإبداع ألوانها وتصميمها بشتى فنون المعرفة، بالإضافة إلى قرابة 265 مجلدا من المخطوطات الأصلية والمجاميع التي تحتوي على أكثر من 1550 عنوانا ورسالة مميزة، ويبلغ عدد المخطوطات المصورة والمفردة قرابة 2740 مجلدا، ويبلغ عدد مخطوطات المجاميع المصورة المفردة 443 تقريبًا تحتوي على 2629 عنوانا ورسالة.