حددت هيئة الزكاة والضريبة والجمارك العديد من الالتزامات لمشغلي الأسواق الحرة يأتي في مقدمتها تزويد الهيئة بخطة عمل سنوية لدعم بيع البضائع الوطنية ويتم مراجعتها في منتصف كل سنة، وإشعار ومشاركة الهيئة بخطة ومواعيد الجرد لاعتمادها ومتابعتها واستلام التقارير الخاصة بها، وكذلك تشغيل السوق الحرة والمستودعات التابعة لها بما يشمل توفير الكوادر البشرية، وتأمين المعدات ووسائل النقل اللازمة لنقل الأشخاص والبضائع بين السوق الحرة والمستودع والمرافق الأخرى التابعة لها بما فيها الساحة الجمركية والمستودعات والمتاجر، وإتمام عملية الربط التقني مع أنظمة الهيئة قبل البدء بتشغيل السوق الحرة، وتأمين وتركيب نظام تقني يتوافق مع الأنظمة التقنية المطبقة في الهيئة، وتسجل فيه حركة البضائع داخل السوق الحرة والمستودعات التابعة لها، على أن يكون مشغّل السوق الحرة مسؤولاً أمام الهيئة عن ضمان التزام موظفيه بعدم ارتكاب أي مخالفة. وركزت الهيئة على عدم تسرب البضائع منها بصورة غير مشروعة طبقاً لأحكام المادة (87) من نظام الجمارك الموحد، وشددت الهيئة على الالتزام بعدم التأجير بالباطن، إلا بعد الحصول على الموافقة الخطية من الهيئة، وأن يكون مشغّل السوق الحرة -في جميع الأحوال- المسؤول المباشر أمام الهيئة عن أي مخالفة يرتكبها المشغّل من الباطن. وأكدت بضرورة أن تكون ساعات العمل في المتاجر التابعة للأسواق الحرة بواقع (24) أربعة وعشرين ساعة يومياً، وأعطت الحرية لمشغّل السوق الحرة طلب تحديد ساعات العمل بالتنسيق مع الهيئة، على أن يلتزم بعدم فتح المستودعات في غير المواعيد المتفق عليها ودون حضور موظف الهيئة، وتُحصل الرسوم والضرائب على جميع الأدوات والتجهيزات المستوردة من الخارج لاستعمالها في بناء أو تجهيز الأسواق الحرة والمستودعات التابعة لها. وطالبت الهيئة الحصول على موافقتها في حالة إدخال أو إخراج البضائع من متاجر الأسواق الحرة أو مستودعاتها ونقل البضائع كلياً أو جزئياً من مستودع إلى آخر داخل منطقة السوق الحرة تحت الإشراف الجمركي، ووفق الكفالات والتعهدات والإجراءات التي يحددها المحافظ، مشددة الهيئة في نفس الوقت على المحافظة على نظافة وصيانة جميع المنشآت التابعة للسوق الحرة ومحتوياتها، والقيام بالأعمال الضرورية للمحافظة على البضائع، بالإضافة الى القيام بالعمليات اللازمة لتحسين تغليف البضاعة، أو تحسين جودتها التسويقية، أو إعدادها للشحن كتصنيف الطرود وفرزها ونحو ذلك، وكذلك وضع البضائع تحت الإجراء الجمركي الذي آلت إليه، مع التقيّد بالشروط والإجراءات المطبقة في كل حالة. وقالت انه يحق لمشغل السوق الحرة ان فيما يبرم مع الجهة المالكة للموقع اتفاقية مستوى الخدمة لتنظيم الأعمال الخاصة بالعقد وتحديد معايير ومؤشرات الأداء لضمان جودة الأعمال، وللهيئة الحق في الاطّلاع على الاتفاقية لضمان الالتزام بها، على ان يتعيّن على مشغّل السوق الحرة توفير كافة المعلومات والوثائق والتقارير للهيئة أو لممثلي الجهات الحكومية المفوضين بذلك، ويشمل ذلك -على سبيل المثال- تدقيق الحسابات، والمعاملات، والبيانات، ومراجعة الإيرادات المالية المتحققة من العقد وكافة المستحقات المالية لكل طرف، مع مراعاة جميع الضوابط الواردة في هذه القواعد والأنظمة واللوائح ذات العلاقة، ولا تخل القواعد باختصاص الجهات الحكومية المختصة في ممارسة أعمالها الرقابية والإشرافية والمتابعة المستمرة المباشرة وغير المباشرة لمشغلي الأسواق الحرة. وطالبت بحفظ جميع الوثائق والمستندات لمدة لا تقل عن (5) خمس سنوات من إتمام العمليات الجمركية، منوهة أنه على مشغّل السوق الحرة الالتزام بتوفير متطلبات بيئة العمل لمنسوبي الهيئة العاملين في السوق الحرة من خلال تجهيز وتأثيث المكاتب الجمركية داخل المستودعات وتوفير الأجهزة والأدوات المكتبية، وتوفير غرفة استراحة بكافة مستلزماتها بحسب اشتراطات ومواصفات بيئة العمل لدى الهيئة. يذكر أنه صدر نظام (قانون) الجمارك الموحد لدول مجلس التعاون لدول الخليج العربية بموجب المرسوم الملكي رقم (م/41) بتاريخ 3 /11/ 1423ه، حيث تم بموجبه توحيد الإجراءات والأنظمة الجمركية في دول المجلس بما يتوافق مع أحكام الاتفاقيات الدولية ذات الصلة بالعمل الجمركي. وقد عالج النظام عدداً من الإجراءات الجمركية كان من ضمنها الإجراءات الخاصة بالأسواق الحرة، وهي الأماكن التي تودع بها البضائع في وضع معلق للرسوم الجمركية لغايات العرض والبيع، وتحدد القواعد والشروط والإجراءات الخاصة بها بقرار من الوزير أو الجهة المختصة. وحيث صدر قرار مجلس الوزراء رقم (114) وتاريخ 10 /2/ 1444ه، القاضي بالموافقة على إنشاء أسواق حرة -حسب الحاجة- في المنافذ الجوية والبحرية والبرية والسماح بالبيع فيها للمسافرين القادمين للمملكة والمغادرين منها، وتفويض وزير المالية رئيس مجلس إدارة هيئة الزكاة والضريبة والجمارك بإصدار أي من القرارات ذات العلاقة، وتحديد القواعد والشروط والإجراءات الجمركية الخاصة بها وفقاً لنص المادة (77) من نظام (قانون) الجمارك الموحد لدول مجلس التعاون لدول الخليج العربية.