من المؤسف أن هذا لمرض لا يشخص إلا بعد أن يصل لمرحلة صعبة في تأثيرته السلبية على الجسم، ولو تم تشخيصه مبكراً لتم تفادي كثير من المضاعفات بإذن الله، ولما وصل المريض لمرحلة تلف الأمعاء الدقيقة ومن ثم حدوث التأثيرات على نمو وصحة أعضاء الجسم. هناك عدة طرق لكشف حساسية الأغذية منها اختبارات الجلد واختبارات للدم، وهذان الاختباران هما الأدق لتشخيص حساسية الجلوتين ومرض سيلياك ويتم أخذ عينة دم وقياس الأجسام المضادة (Tissue Transglutaminase IgA, IgG antibody) واختبار الانتيجينات مثل ((HLA-DQ2 ، HLA-DQ8))، وبعد ظهور نتائج إيجابية يتم أخذ عينة من الأمعاء بالمنظار أو بالكبسولة وهي كاميرا صغيرة تدخل للأمعاء عن طريق الفم تصور وضع خملات الأمعاء ومدى تآكلها أو وجود التهابات ونزيف فيها، ومن الاختبارات فحص حجم كريات الدم واستبعاد خلل وظائف الكبد عند ارتفاع AST، وانخفاض في الألبيومين في الدم وانخفاض الكوليستيرول أحيانا وارتفاع الالكالاين فوسفيت. واختبار المفكرة الغذائية حيث يطلب من الشخص تسجيل الأغذية التي تناولها يوميا ويربط بينها وبين ظهور الأعراض فيتم حصر المسببات للحساسية، وهناك طريقة استبعاد بعض الأغذية المحتملة ويتم استبعادها بطريقة عنقودية أي استبعاد كل غذاء لوحدة لعدة أيام ومراقبة الأعراض فعندما تختفي هذا يدل على أن ذلك الغذاء هو المسبب للحساسية، والطريقة الخامسة هي اختبار التحدي وفيها يتم استبعاد كل الأغذية التي ممكن أن تسبب حساسية ثم إعادة تناولها واحدا واحدا يفصل بينها عدة أيام فإذا ظهرت الأعراض بعد تناول أحد تلك الأطعمة فيكون هو أحد المسببات للحساسية فيتم استبعاده وإكمال إدخال بقية الأغذية حتى يتم التعرف عليها جميعها. هناك اختبارات منتشرة في بعض المراكز الصحية التجارية تدعي أنها اختبار للحساسية وأغلب تلك الاختبارات غير صحيحية بل إن بعضها عبارة عن خداع وغش للمراجع دون أن يكون لها جدوى، ولا نعتمدها في العيادات ولا المستشفيات. بعض المراكز يتدعي أنها ترسل عينة الدم لبعض الدول الأوروبية تأكيدا لمستوى الغش ولإقناع المرضى بقوة التشخيص وهذا كله كذب وخداع.