وافق وزير التعليم العالي الدكتور خالد بن محمد العنقري على إنشاء المجلس العلمي لجامعة الأمير محمد بن فهد . ويعد المجلس استكمالاً للمجالس العلمية وإضافة أكاديمية بالجامعة ، وتتضمن مهامه الإشراف على الشؤون العلمية لأعضاء هيئة التدريس وشئون البحوث والدراسات والنشر وله على الخصوص التوصية بتعيين أعضاء هيئة التدريس بالكليات والتوصية بترقية أعضاء هيئة التدريس بالكليات وفق اللائحة المنظمة لشئون منسوبي الجامعات السعوديين من أعضاء هيئة التدريس ومن في حكمهم والتوصية بإعارة أعضاء هيئة التدريس وندبهم وإيفادهم لمهمات علمية ومنحهم إجازة التفرغ العلمي وإنهاء خدماتهم وفق القواعد المنظمة لذلك ، واقتراح قواعد ترقية أعضاء هيئة التدريس بالكليات و تشكيل لجان فحص الإنتاج العلمي لأعضاء هيئة التدريس ، وتقويم الشهادات العلمية التي يتقدم بها أعضاء هيئة التدريس السعوديين ، كما تشمل مهامه التوصية بابتعاث المحاضرين والمعيدين والمدرسين بالكليات وتحديد الدرجة التي يوفد المبتعث للحصول عليها ونوع التخصص وتعيين الجهة التي يتم فيها التدريس أو الدراسة أو المدة اللازمة لذلك. ولا يجوز للمبتعث تغيير شيئاً من ذلك إلا بعد موافقة المجلس العلمي واقتراح إنشاء أقسام جديدة بالكليات وتشجيع البحث العلمي والتأليف والترجمة والنشر وله في سبيل ذلك وضع قواعد لتشجيع إعداد البحوث العلمية واقتراح إنشاء مراكز البحث العلمي والتنسيق بين مراكز البحث العلمي ووضع خطة عامة لها وتنظيم الصلة مع مراكز البحث خارج الجامعة وتحديد المكافآت التشجيعية والتقديرية للأعمال العلمية وتحكيمها والأمر بصرفها ونشر البحوث والمؤلفات والرسائل العلمية التي يرى نشرها ، كما تشمل مهامه التوصية بإصدار الدوريات العلمية و التوصية بعقد المؤتمرات أو الندوات العلمية وترشيح أعضاء هيئة التدريس للاشتراك فيها والتوصية بإنشاء الجمعيات العلمية والتنسيق فيما بينها وفقاً للقواعد المنظمة للجمعيات العلمية في الجامعات السعودية.