تمثل مكتبة المسجد النبوي الشريف بالمدينةالمنورة واحة علمية داخل مسجد رسول الله صلى الله عليه وسلم تندرج ضمن الخدمات التي تقدمها الرئاسة العامة للشئون المسجد النبوي الشريف لتهيئة الراحة والطمأنينة لزوار المسجد , حيث جهّزت المكتبة لاستقبال ضيوف الرحمن لمن أراد منهم أن ينهل من العلم والمعرفة خلال فترة مكوثه في المدينةالمنورة , إذ تعد المكتبة مركزا تاريخياً من مراكز العلم بالمدينةالمنورة. وقد تكونت مكتبة المسجد النبوي قبل حريق المسجد النبوي في 13رمضان 886ه الذي قضى على العديد من خزائن المصاحف والكتب النفيسة , وما أن حل العهد السعودي حتى جاء الأمر بإعادة تأسيس المكتبة عام 1352 ه باقتراح من عبيد مدني حينما كان مديراً للأوقاف في المدينةالمنورة , فيما كان أول مدير لها هو أحمد ياسين الخياري. وتضم المكتبة بعض الكتب التي يعود تاريخ وقفها على المسجد النبوي قبل تاريخ إنشائها، مثل : مكتبة الشيخ محمد العزيز الوزير التي أوقفت عام 1320ه ، وهي من الكتب التي أدخلت في المكتبة بعد تأسيسها ، وكانت هناك كتب في الروضة الشريفة لبعضها تاريخ متقدم عن تاريخ تأسيس المكتبة. وتقع المكتبة حالياً في السطح الغربي للمسجد النبوي ومدخلها من باب رقم (10) عبر سلم كهربائي حيث يسمح لجميع زوار المسجد النبوي الشريف بالاستفادة من المكتبة والخدمات المقدمة فيها وتحتوي على قاعات المطالعة الخاصة بالرجال التي تقع في الركن الشمالي الغربي من سطح المسجد النبوي وتحتوي على 300 كرسي للرواد , إضافة إلى المكتبة الرقمية وتحتوي على أجهزة حاسب آلي مرتبطة بشبكة خاصة محمل عليها البرامج العلمية الحاسوبية وتشمل الكتب والمخطوطات والصوتيات الرقمية وتستعمل من قبل الباحثين. كما تحتوي المكتبة على قسم المجموعات الخاصة الذي يقع في الدور الأول والثاني من باب عثمان بن عفان - رضي الله عنه - نهاية التوسعة السعودية الأولى ويضم خزانة المخطوطات الأصلية ( كتب ومصاحف ) ومصورات ورقية وميكروفيلمية ورقمية وأجهزة تصوير من ميكروفيلم إلى ورقي وأجهزة حاسب آلي وأجهزة تعقيم وصيانة المخطوطات وطاولات عرض لعرض نماذج من المخطوطات للزائرين وصور ملتقطة مكبرة لنماذج بديعة من المخطوطات والمصاحف , إضافة إلى قسم محدود الإطلاع الذي يقوم بحفظ الكتب المحدودة الإطلاع , وقسم الكتب النادرة الذي يقوم بحفظ الكتب النادرة من حيث قدم تاريخ الطبع ، أو الزخرفة أو الأشكال والصور , وقسم الدوريات ويضم ثلاثة ألاف دورية. وتشتمل مكتبة المسجد النبوي الشريف كذلك على قسم المكتبة الصوتية ويقع بباب رقم (17) حيث يقوم بحفظ ما يلقى في المسجد النبوي الشريف من التلاوات والدروس والخطب والصلوات من الحرمين الشريفين ، وتبلغ محتوياته أكثر من مائة ألف ساعة صوتية مسجلة على أشرطة كاسيت وأقراص مدمجة ووسائط متعددة , إضافة إلى القسم الفني ويقع بباب رقم (9) باب الملك سعود بن عبدالعزيز - رحمه الله - ويقوم بتجليد وترميم وتعقيم المخطوطات والكتب وتصوير بعض طلبات التصوير من كتب ومخطوطات والكتابة على الكتب المجلدة. ونظرا لأهمية الفهرسة والتصنيف والتزويد فقد هيئت الرئاسة قسما خاصا لها يقع في باب رقم (9) لكل منها مهام ترتبط به , إذ أن قسم الفهرسة والتصنيف يقوم بتصنيف وفهرسة الكتب ، وتسجيل الكتب الواردة للمكتبة في برنامج المكتبة بالحاسب الآلي , في حين يقوم قسم التزويد بتأمين الكتب للمكتبة مثل الكتب الجديدة التي يقوم بتأمينها عن طريق الشراء , ومن مهامه أيضا جلب الكتب الموقوفة على المكتبة حيث يقوم البعض بوقف الكتب على المكتبة ونقلها إلى المكتبة في حياته أو بوصية منه بعد موته. كما جهزت الرئاسة قسما خاصا يضم الكتب المكررة الزائدة عن حاجة رواد المكتبة لتحفظ به كميات الكتب التي توزع على المساجد والمكتبات العامة في أنحاء العالم. ويقوم قسم الحاسب الآلي بإدخال بطائق الكتب ( الفهارس) في الحاسب بعدما تم إنجاز برامج لفهرسة الكتب والمخطوطات والدوريات كما يتم به تحويل المصورات الورقية والمايكرو فيلمية عبر الماسح الضوئي إلى الحاسب الآلي ، وكذلك إدخال وحفظ التسجيلات الصوتية والمرئية في الحاسب الآلي.