أكد المنسق الوطني الأميركي السابق للأمن ومكافحة الإرهاب في إدارتي كلينتون وبوش، ريتشارد كلارك، أن قطر أوت العقل المدبر لهجمات 11 سبتمبر 2001 في الولاياتالمتحدة، ولو لم يحدث هذا لكان العالم مكانًا مختلفًا جدًّا الآن، حيث طُلب منها تسليمه في عام 1996. وأوضح كلارك، خلال مقال نشرته صحيفة نيويورك ديلي نيوز، أن "معظم المتهمين يرتبطون باسم أسامة بن لادن، وبالقتل الجماعي في أحداث سبتمبر، ولكن رجل آخر، هو إرهابي قام بعديد من العمليات الإرهابية كان القائد الحقيقي، إنه خالد شيخ محمد". وأردف: "أول مرة عرفت اسمه في عام 1993، لارتباط اسمه بهجوم شاحنة مفخخة على مركز التجارة العالمي. وعلمنا لاحقًا أن لديه قدرة لا مثيل لها على تنظيم هجمات إرهابية واسعة النطاق، وهو ما يفتقر إليه ابن لادن". وكشف كلارك، أن المؤسسة الأمنية الأميركية والقيادة السياسية، اعتبرت في 1996 خالد شيخ محمد "أخطر إرهابي فردي"، وفي وقت لاحق وجدت الإدارة الأميركية أنه يعمل في قطر في إدارة المياه كغطاء رسمي. وتابع كلارك: "من غير المعقول أن نقول إن القيادة العسكرية الأميركية كانت مترددة جدًّا في المشاركة في عمليات مكافحة الإرهاب قبل 11 سبتمبر". وأخيرًا، قررت إدارة كلينتون التواصل مع القطريين في قضية خالد شيخ. وأردف: "للتخفيف من المخاطر الكامنة في تلك الخطوة، طلب من السفير الأميركي أن يتكلم فقط مع أمير قطر، وأن يطلب من الأمير أن يتحدث فقط إلى رئيس جهاز الأمن القطري، وكان الطلب يشمل اعتقال خالد شيخ واحتجازه لعدة ساعات حتى نتمكن من إرسال فريق أمني ليعود به إلى الولاياتالمتحدة". ولفت كلارك إلى أنه على الرغم من ذلك، وخلال ساعات من لقاء المبعوث الأميركي مع أمير قطر، وطلبه ذلك، اختفى خالد شيخ من الدوحة. واستكمل أن "خالد شيخ قام بعد ذلك بتنظيم هجمات 11 سبتمبر، وتفجير بالي في إندونيسيا وقتل الصحفي الأميركي دانييل بيرل وهجمات إرهابية أخرى"، وبعد عامين من أحداث 11 سبتمبر، احتجزه عملاء أميركيون في باكستان برفقة ضباط باكستانيين، وهو الآن محتجز في سجن جوانتانامو العسكري بكوبا.