وسط تحركات برلمانية ومن ناشطين لإصدار تشريع لملاحقة قطر قانونياً في دول أوربية عدة، كشف المنسق الوطني للأمن ومكافحة الإرهاب في إدارتي الرئيسين الأمريكيين بيل كلينتون وجورج بوش، ريتشارد كلارك، تورط قطر وتحملها «جانباً كبيراً» من مسؤولية هجمات 11 سبتمبر 2001. وعاود كلارك فتح ملف إيواء الدوحة للعقل المدبر لهجمات سبتمبر وحمايته مع حرمان الأجهزة الأمريكية من القبض عليه. وأشار في مقالة نشرها في صحيفة «نيويورك ديلي نيوز» -بحسب سبوتنيك الروسية- إلى ما وصفه بحالة «عدم ثقة السلطات الأمنية في الولاياتالمتحدةبالقطريين، وشكوكهم الكبرى بعلاقاتهم مع قيادات جماعات إرهابية». وقال كلارك في مقالة بعنوان «طالما عرفنا أن قطر مشكلة. إن أحد أبرز من قدمت لهم الدوحة الحماية، هو العقل المدبر لهجمات 11 سبتمبر، خالد شيخ محمد، أدركت الأجهزة الأمنية خطورة خالد شيخ محمد عام 1993، بعد ارتباط اسمه بعملية تفجير شاحنة بالقرب من مركز التجارة العالمي، وعرفنا أنه فعليا لديه قدرات واسعة على ترتيب عمليات إرهابية كبيرة، وله قدرات أقوى بكثير من أسامة بن لادن». وبحسب المسؤول الأمني، فإن الأجهزة الأمنية الأمريكية بدأت بملاحقة الرجل الخطر بصورة كبيرة، بعد تورطه في عمليتين إرهابيتين، وحينها وضعت واشنطن والاستخبارات المركزية تحديد مكانة أولوية قصوى تفوق أولوية تحديد موقع ابن لادن. وفي الوقت الذي كان عملاء CIA يجوبون الأرجاء بحثاً عن خالد شيخ محمد، كان الأخير يقبع في قطر بعد أن وفرت له الحكومة القطرية وظيفة في هيئة المياه الحكومية، التي وصفها كلارك ب«الصورية». وأكد تواصل اللجنة الأمنية لمكافحة الإرهاب التي كان يترأسها مع الحكومة القطرية للقبض على شيخ محمد، وأورد سيناريوهات عدة كان يخطط لها الأمريكان، بيد أنهم استقروا على محادثة أمير قطر بإمكان تسليم خالد شيخ محمد عبر السفير الأمريكي في الدوحة. وأضاف «اللجنة طلبت من السفير الأمريكي أن يتحدث إلى أمير قطر فقط، وأن يطلب من الأمير أن يكلم فقط رئيس جهاز الأمن، وكان الطلب يتركز في أن تقبض الدوحة على خالد شيخ محمد لبضع ساعات، حتى يصل فريق أمني أمريكي ينقله إلى الولاياتالمتحدة». وبعد لقاء السفير مع أمير قطر اختفى خالد شيخ محمد، ولم يستطع أحد العثور عليه في الدوحة، ويؤكد المسؤول الأمريكي «بعد ذلك قال لنا القطريون إنهم يعتقدون أنه غادر البلاد، لكنهم لم يقولوا لنا أبدا كيف غادرها!». ويرى المسؤول الأمني السابق أن لقطر تعاطفاً تاريخياً مع الإرهابيين، مستدلاً بالعلاقة القوية التي تجمع أحد وزراء الحكومة القطرية (أحد أفراد العائلة الحاكمة) بتنظيم القاعدة الإرهابي، وأنه كان يرعى خالد شيخ محمد شخصياً. وأشار إلى أن القطريين لو سلموا خالد شيخ محمد عام 1996، «أعتقد أن العالم كان سيصبح مختلفا بصورة كبيرة الآن»، خصوصاً أن واشنطن تتهم خالد شيخ محمد بتدبير هجمات 11 سبتمبر، وهجوم بالي، وقتل الصحفي الأمريكي دانيال بيرل، وغيرها من الهجمات الإرهابية. وقبضت السلطات الأمريكية على شيخ محمد في باكستان بواسطة فريق أمني أمريكي - باكستاني مشترك عام 2003.