ألقى الإخوان المسلمون بحجر في المياه الراكدة حين أعلنوا عن ترشيح المهندس خيرت الشاطر لرئاسة مصر، وأجابوا على التساؤل الذي حير المصريين والذي ظل الجميع يردده «رئيس مصر لم يأتِ بعد». المرشحون للرئاسة استقبلوا الخبر بنوع من التساؤل والاستغراب والاستهجان، معتبرين أنّ القرار يفضح رغبة الإخوان في أن يأكلوا الكعكة وحدهم دونما أي اعتبار للتنوع والتباين الذي يميز المصريين وإعلان الإخوان جهارًا نهارًا أنهم يحترمون التعددية الفكرية ويؤمنون بالمشاركة لا المغالبة، ولكنهم أبوا إلا أن يقودوا السفينة وحدهم. عمرو موسى المرشح المحتمل والوجه الأكثر خبرة في السياسة المصرية والأمين العام السابق للجامعة العربية اعتبر أن للإخوان حقًا في ترشيح من يشاؤون في أي وقت ولكن الخطأ أن ذلك خالف تعهداتهم بإفساح مجال الرئاسة لشخصية قومية وطنية بحث يكون هناك تجانس وتنوع في الشكل العام لإدارة البلاد، لكن القرار فاجأ الجميع لأن ذلك يعني أن الإخوان يقصدون إلى إدارة البلاد بمفردهم وهذا توجه خاطئ لأن الإخوان ليسوا وحدهم في الساحة وكان الأولى بهم أن يقبلوا بترشيح الدكتور عبدالمنعم أبو الفتوح بدل أن يفصلوه وهذا يشير إلى أمر هام وهو أن من يخرج عن الإطار التنظيمي للجماعة بغض النظر عن كفاءته لا يصلح من وجهة نظرهم في حين أننا كنا ننتظر أن تبدي الجماعة مرونة وتقبل للآخر حتي يكون هناك تمازج في العمل الوطني العام وأن تعطي الفرصة ليشارك الجميع على قدم وثاق في بناء مصر. وقال موسى: إن الرئيس القادم لمصر يجب أن يكون على وعي وخبرة ودراية بالداخل والخارج ولديه حس وطني تجاه الأزمات الحقيقية التي تواجهها مصر مثل التعليم والأمن والتنمية وغيرها دون أن نكرس جهودنا في اتجاه واحد والتنوع هو الضمانة للانشغال بكل قضايانا دون الاستئثار بقضايا بعينها. من جانبه اعتبر الدكتور محمد سليم العوا مبررات الإخوان لترشيح الشاطر غير مقنعة ولا تسوغ له خوض انتخابات الرئاسة، معتبرًا أن الشاطر سيعمل على تفتيت أصوات المرشحين الإسلاميين، و«سيحدث فجوة كبيرة الله أعلم بآثارها». ورأت حملة ترشيح حازم صلاح أبوإسماعيل أن ترشيح الإخوان للشاطر «سيؤدى إلى زيادة شعبية أبو إسماعيل، وسيؤدي إلى مزيد من الأصوات لنا، وسيكون له مردود إيجابي لنا». وقال هاني حافظ المنسق العام لحملة ترشيح أبو إسماعيل: «نحن مستمرون بمنتهى القوة فى سباق الرئاسة، ولن يؤثر هذا القرار علينا أبدًا»، مضيفًا: «كل ما ذكره الإخوان هو عين ما حذر منه أبو إسماعيل منذ شهر فبراير 2011 عقب تنحي مبارك الأمر الذى يدعم موقفنا تمامًا». ووصفت حملة دعم حمدين صباحي قرار الإخوان بالخاطئ، وقالت: القرار صدر فى توقيت خاطئ، مشيرًا إلى أنه كان يجب على الجماعة التفكير جيدًا قبل اتخاذه. وأوضحت الحملة إن «ترشيح الشاطر أمر يرجع له لكنه سيفتت أصوات الإسلاميين»، مشيرًا إلى أنه سيدعم موقف القوى الثورية، خاصة بعد التذبذب والتردد الذي أصاب الجماعة في الآونة الأخيرة، وتسبب في سوء سمعتهم وضعف موقفهم. وهو ما ذهب إليه المرشح الرئاسي المستشار هشام البسطويسى، وقال: «قرار الجماعة بترشيح الشاطر غير موفق كان الأفضل الالتزام بقرارهم السابق بعدم ترشيح أي إخواني»، مضيفًا: «ولكنهم يقدرون مصلحتهم فقط». وأوضح البسطويسي أن تراجع الإخوان عن قرارهم في أكثر من موقف تسبب في فقدان مصداقيتهم بالشارع المصري، مضيفًا: «كنت أتمنى أن يدرسوا قراراتهم بشكل أكبر من ذلك». فيما عقب أيمن نور، المرشح الرئاسي أيضًا بقوله إن: «بورصة الرئاسة انقلبت بترشيح جماعة الإخوان المسلمين للمهندس خيرت الشاطر للرئاسة، مؤكدًا أن الكرة ما زالت في منتصف الملعب». ورفض الدكتور عبدالمنعم أبو الفتوح، المرشح لرئاسة الجمهورية، التعليق على قرار جماعة الإخوان بترشيح المهندس خيرت الشاطر لرئاسة الجمهورية وقال: إن ترشح الشاطر يؤكد أنّ الأزمة التي حدثت بين الإخوان والمجلس العسكري حول حكومة الجنزوري ما هي الا خدعة كبيرة الغرض، منها ترشيح الشاطر للرئاسة، وأكد أن هذا يقوّي احتمال وجود صفقة بين الإخوان والعسكري.