أطلق المستودع الخيري بجدة ضمن مشروع زكاة الفطر خدمة «زكاة الفطر الالكترونية» والتي من خلالها يمكن لأي شخص في العالم أن يقوم بإخراج زكاة الفطر من منزله أو مكتبه أو عبر هاتفه الجوال وذلك باستخدام رقم «IBAN» للحساب البنكي الذي تم تخصيصه لزكاة الفطر، بحيث يتم تحويل مبلغ الزكاة عن عدد المُزكى عنهم الكترونياً، حيث تبلغ قيمة الفطرة للفرد الواحد 15 ريالا (ما يعادل 4 دولارات). وأكد المدير العام للمستودع فيصل الحميد، أن المستودع ومن خلال غرفة العمليات الخاصة بمشروع زكاة الفطر يرصد أولاً بأول كل التوكيلات التي تودع قيمتها في الحساب البنكي للمشروع وعلى مدار الساعة، حيث تم ربط هذا الحساب بالإضافة لمراكز استقبال التوكيلات برنامج حاسوبي عملاق تم تجهيزه خصيصاً لهذا الغرض، ويستطيع القائمون على المشروع من خلاله رصد عدد «الفطرات» التي تم توكيل المستودع بإخراجها أولاً بأول في عملية تحديث مستمرة، مما يسهل آلية توزيع الزكاة لمستحقيها في وقتها الشرعي المحدد.