منذ مقتل حسين بدر الدين الحوثي عام 2004 في الحرب الأولى بين نظام علي عبدالله صالح والحوثيين، والخلافات المذهبية تتفشى داخل المنزل الحوثي في صورة ظاهرة للعيان. ولم يقتصر ذلك على البروز في دراسات الباحثين المستقلين أو أولئك الموالين لنظام الرئيس المخلوع أو لحزب الإصلاح إبّان حروب اليمن الستة مع الحوثيين. وفي عام 2009 بدا أن القناع انكشف، وأن المواجهة داخل العائلة الحوثية (المنتمية إلى المذهب الزيدي) تتخذ مساراً من التشظي في الكيان الواحد، إذ أصدر العلامة الزيدي محمد عبدالعظيم الحوثي بياناً مضاداً للتوجه الحوثي إلى العقيدة الإمامية، واصفاً المنتمين إليها بالماريق عن الدين، ومتجاوزاً ذلك إلى خوض معمعة التكفير ضد تنظيم عبدالملك الحوثي المسمى آنذاك «الشباب المؤمن». وفي مقطع صوتي فريد من نوعه قال أحد رموز علماء الزيدية وأحد أقرباء عبدالملك الحوثي في صعدة محمد عبدالعظيم الحوثي: «أنا أتعجب ممن يسميهم مجاهدين، هم ملحدون منافقون محاربون لله ولرسوله وللمؤمنين، وقالوا إنهم يحاربون أميركا وإسرائيل، هؤلاء (شباب أنصار الله) كذابون مفترون، وأعداء الله ورسوله من قبل 20 عام، وليس من الآن، وحسبكم أن العلماء مطبقون كلهم على كفر الشباب، وعلى أنهم مرتدون، وخارجون عن مذهب أهل البيت». ويبدو أنّ هذا الانشقاق الذي وصل إلى حد البراءة الدينية واتهام تنظيم «شباب الحوثي» بالمروق من الدين من رموز علماء الزيدية أنفسهم، إنما جاء من انضمام الأخير إلى مذهب ولاية الفقيه، إذ يذكر الباحث اليمني عادل بن علي الأحمدي في كتابه «الزهر والحجر» (الصادر عن مركز نشوان الحميري للدراسات والنشر) أنه في نهاية التسعينات حدثت مواجهة بين الحسين الحوثي وسائر علماء الزيدية التقليديين، وصلت بعضها إلى حد المناوشات العسكرية عام 2010، ويروي الباحث طرفاً من تفاصيل المواجهة على النحو الآتي: «نشطت مراكز «الشباب المؤمن» (تنظيم الحوثي) في العاصمة (صنعاء)، وصدرت الكتب والتسجيلات، وأقيمت اللقاءات ضمن حركة متنامية ومتناسقة تتضمن النقد الحاد للمذهب الزيدي، والهجوم على رموزه، وتدريس المذهب الجعفري، والترويج له ولأفكاره وشخوصه وهيئاته، علماً أن بعض من وقعوا تحت تأثير هذه الحملة يؤرخون عام 1997 بوصفه عام الانتقال الفعلي من الهادوية الجاردوية إلى الجعفرية الاثني عشرية».
