ظل هاجس المؤامرة حاضراً خصوصاً بعد انتشار مقطع لأميركي يوضح بأن الأخوين المتهمين بتفجير بوسطن بريئين وتم توريطهم، ويتهم فيه جماعة «وتر بلاك» أو الموساد واتهام «إف بي آي» في تفجير بوسطن وإلصاقه بمسلم ثم قتله لدفن الأدلة كما يردد ذلك المؤيدون. من المؤيدين لفكرة المؤامرة المشرف العام على مركز الفكر المعاصر ناصر الحنيني إذ رجح أن تكون أحداث بوسطن مفتعلة، ولم يستبعد أنها مؤامرة غربية لافتعال حدث معين، لتبرير أي أعمال مقبلة، تضييق على الإسلام والمسلمين، معللاً ذلك بانزعاج الغرب من الدخول الكبير في الإسلام بعد أحداث 11 سبتمبر، على رغم أن الإسلام بريء من أحداث 11 سبتمبر، إذ يصفها ب«الإرهابية». وشدد على أن المبتعثين السعوديين لديهم وعي ولا يضرون الناس، خصوصاً أن التفجير ليس له هدف مشروع، «فربما حاول الأميركان ربطه بالشيشاني على اعتبار أنه مسلم» وأكد أننا بوصفنا مسلمين لا نرضى مثل هذه الأفعال الإجرامية على البشرية كافة، سواء أكان المتضرر مسلماً أم غيره. في حين اعتبر مشاري الذايدي الانحياز إلى نظرية المؤامرة أمراً طبيعياً «ليتم اختراع أناس وهميين»، وأشار إلى أن هذا ليس محصوراً على المسلمين فحسب، إذ هناك أميركيون يرون أن أحداث 11 سبتمبر مفتعلة، والمفكر العربي حسنين هيكل كان يرى 11 سبتمبر مؤامرة وبثت أفلام في قنوات تؤكد أنها مؤامرة، واعتبر ذلك نوعاً من التفكير البدائي، إلا أنه استدرك بأنه لا يرفض فكر المؤامرة من ناحية المبدأ إذ تحدث أمور كثيرة بالخفاء، فهناك من يرى أن أحداث بوسطن لإيقاع الخصومة بين أميركا وروسيا وأن وراءه لعبة دولية. وصف هذه التحليلات بالتكهنات ليس هناك دليل عليها وإنما هي محاولة للتفكير. أما خالد المشوح فيفرق بين المؤامرة أو التحليل المنطقي لاستغلال الحدث، إذ المؤامرة هي صنع للحدث من أوله إلى آخره، أما استغلال الحدث فهو موضوع آخر. من حق أي دولة تستغل أي حدث لمصلحتها. واعتبر نظرية المؤامرة نتيجة للهزيمة ولا تتطلب الكثير من الجهد. لافتاً إلى أن تنظيم القاعدة بصفته تنظيماً يتلقى الأوامر انتهى منذ فترة، إذ لا بد من أن يتم التعامل حالياً مع الفكر وليس التنظيم. من يبالغ في التنظيم فهو لا يدرك واقع القاعدة. المشكلة في الأفكار. تدار بشكل مستقل. بحسب الإمكانات المتاحة».