شهدت مكتبة الجامع الأزهر أخيراً تطويراً غير مسبوق في تاريخها، توجه نقلها إلى بناية جديدة. يأتي هذا في إطار الخطوات الجادة التي اتخذت لتحديث مؤسسات الأزهر الشريف. ومنها بناء بناية جديدة لمشيخة الجامع الأزهر، وتحديث إدارته ومطابعه. بناية المكتبة تقع خلف مبنى المشيخة الجديد، وهى تتكون من 14 طابقاً، وقام مركز المعلومات، بتحديث نظم المعلومات والإدارة في المكتبة ومكننتها من ناحية الفهرسة والتبويب مما يتيح للدارسين والراغبين الاطلاع على ما تحتويه من مصادر مخطوطة ومطبوعة وكتب ورسائل علمية عبر شبكة الإنترنت، تم هذا عن طريق فريق عمل مشترك عمل على 42 حاسباً آلياً. تم خلال هذه العملية إدخال بيانات 40 ألف مخطوطة و100 ألف كتاب و6000 رسالة علمية. تكوين المكتبة يعود الفضل في تكوين مكتبة الأزهر الشريف إلى الشيخ محمد عبده الذي طرح الفكرة على مجلس إدارة الأزهر عام 1897 فوافق عليها فوراً، ولاقت رعاية خاصة من الشيخ حسونة النواوي شيخ الأزهر آنذاك. وكان الجامع الأزهر والتكايا التي حوله والمساجد المجاورة له تضم آلافاً من المخطوطات والتحف والنوادر، ضاع قسم منها آنذاك بسبب إهمال القائمين عليها وسعي دور الكتب الغربية والمستشرقين للحصول على هذه النوادر بأي ثمن، وقد لاقى القائمون على المشروع تعنت بعض مشايخ الأروقة في الأزهر ومنهم مشايخ رواقي الأتراك والمغاربة. وضمت مكتبة الصعايدة إلى المكتبة الأزهرية عام 1936 وضمت مكتبة رواق الأحناف عام 1956، ولاقى القائمون على المكتبة الأزهرية صعوبات شتى في ترميم الكتب وإصلاحها وترتيبها. قام أهل العلم والأثرياء في مصر بإهداء مكتباتهم إلى مكتبة الأزهر الشريف وهو ما ساعد على احتلال المكتبة مكانة فريدة بين المكتبات العالمية ومن هذه المكتبات: مكتبة سليمان باشا أباظة، أهداها ورثته إلى الأزهر عام 1899 عملاً بمشورة الإمام محمد عبده، وعدد مجلداتها 1484 مجلداً. مكتبة حليم باشا: أهديت إلى الأزهر عام 1912، ومعظم كتبها من فنون القراءات والحديث والطب والفلك والتاريخ وكثير من مخطوطاتها بخط جيد وموشاه بالذهب. مكتبة الشيخ عبد القادر الرافعي، أهديت إلى الأزهر عام 1927، ويبلغ عدد مجلداتها 1457 مجلداً، وهي من أغنى المكتبات في الفقه الحنفي وفيها مخطوطات من النوادر العالمية ك"شرح السندي على الدر المختار"ويقع في 16 مجلداً كل مجلد ب500 صفحة. مكتبة الشيخ العروسي شيخ الجامع الأزهر: أهداها ورثته إلى الأزهر عام 1938. وعدد مجلداتها 818 وأغلب مخطوطاتها في النحو والتاريخ وهي مكتوبة بخطوط قديمة وحديثة. فهارس في عام 1934 بدأ القائمون على المكتبة في فهرستها وعانوا في ذلك كثيراً حتى اضطروا إلى أن يرقموا عشرين ألف مخطوط مجلد، وأن يحرروا أكثر من خمسين ألف جزازة اقتضاها العمل. وصدر الجزء الأول من الفهارس وهو فهرس أبجدي بعنوان الكتاب إلا أنه يمتاز عن أمثاله باستيفاء البيانات عن موضوعات الكتب بخاصة ما يتعلق منها بالناحية العلمية والفنية وذلك ببيان ما عليها من سماعات وإجازات وتصحيحات، وما فيها من نقوش وزخارف تمثل روح الفن في العصر الذي تؤرخه. وقد صدر الفهرس تباعاً في ستة أجزاء ثم صدر الجزء السابع منه وهو ملحق في جزءين عام 1962. وتواصل المكتبة حالياً فهرسة محتوياتها طبقاً لأحدث النظم. نوادر الأزهر تضم المكتبة الأزهرية نوادر من المخطوطات قل أن تتيسر في مكان آخر، وسبب ذلك هو التراكم الذي حدث في هذه المؤسسة عبر القرون، والذي يتمثل بصفة خاصة في مؤلفات علماء الأزهر، فقد كان الأزهر قبلة العلماء من الشرق والغرب، حتى تولى مشيخته تونسي، هو الشيخ خضر حسين. ومن هذه النوادر قطعتان من مصحف كتب عام 456ه، مصحف مخطوط كتب عام 528 ه، مصحف كتب عام 741ه. ومن نوادرها في علم القراءات، مخطوط الرعاية لتجويد القراءة، وتحقيق لفظ التلاوة كتب عام 557 ه، شرح الشاطبية للجعبري كتب عام 739 ه، طيبة النشر لابن الجزري عليها خطه كتب عام 874 ه. التفسير، تفسير غريب القرآن للسجستانى كتب عام 514 ه، تفسير سورة الفاتحة لابن جزى الأندلسي كتب عام 654 ه من نسخة المؤلف، التعريف والإعلام في ما أبهم من القرآن من الأسماء والأعلام للسهيلي كتب عام 743 ه، الجزء الأول من القول الوجيز في أحكام الكتاب العزيز لأبي العباس السمين بخط المؤلف المتوفى عام 756 ه. وفى الفقه تضم المكتبة من النوادر، عمدة الطالبين لابن الوزير كتب عام 603 ه، زاد الملوك لابن المظفر جعله مؤلفه هدية للسلطان قلاوون، تفصيل عقد الفرائد لابن الشحنه بخط المؤلف كتب عام 895 ه، حاشية الحموي على شرح الأشباه والنظائر بخط المؤلف كتب عام 1079 ه. أما في التاريخ فتضم المكتبة نوادر من المخطوطات قل أن يوجد مثلها في أي مكتبة أخرى، ومن أمثلة هذه النوادر، رسوم دار الخلافة للصابي كتب عام 455 ه، معجم ما استعجم للبكري في تقويم البلدان كتب عام 596 ه، أنباء الغمر بأنباء العمر للحافظ بن حجر العسقلاني، اقتطاف شقائق النعمان من رياض الوافي بوفيات الأعيان كتب عام 990 ه بخط المؤلف، آثار الأول في ترتيب الدول للحسن بن العباسي بخط المؤلف كتب عام 709 ه.
