من أبرز العمليات التي مارستها فرق الاغتيال في الجيش الاسرائيلي، وبأوامر مباشرة من اسحق رابين باعتباره وزيراً للدفاع، اغتيال فتحي الشقاقي أمين عام حركة الجهاد الاسلامي، ثم اغتيال المهندس يحيى عياش مسؤول الجناح العسكري في حركة "حماس" داخل قطاع غزة. اغتيل الشقاقي في جزيرة مالطا يوم 27/10/95، اثناء عودته من ليبيا. ومساء السبت 28/10/95 بث التلفزيون الاسرائيلي ان اجهزة الموساد قتلت على ما يبدو مسؤولاً كبيراً في الجهاد الاسلامي، وقال: "أوري سافير" مدير عام وزارة الخارجية الاسرائيلية في عمان المؤتمر الاقتصادي ان اغتيال الشقاقي لن يكون له أي تأثير على عملية السلام، ان هذه الوفاة التي لن نذرف عليها دمعة واحدة لن تؤثر في شيء على عملية السلام. وقال "اسحق رابين" للتلفزيون الاسرائيلي 2/11/95 ان اسرائيل ستواصل ضرب من يهاجمها، في اشارة الى اغتيال الدكتور فتحي الشقاقي. قال عن دور الموساد في اغتياله: لست مضطرداً للرد صراحة على هذا السؤال، ولكن في مواجهة الإرهاب لا ينبغي اللجوء فقط الى الكلام المعسول، لكن العمل بذكاء وجرأة. سئل رابين: إذا كانت حرباً فلماذا لا تقول اسرائيل ان هدفنا هو قتل زعماء هذه الحرب حتى اذا كانوا في دمشق فأجاب: أي حرب ضد الارهاب لا تقاتل بالاعلانات. ونشرت مجلة "دير شبيغل" الالمانية 4/11/95، نقلاً عن مصادر استخبارات قولها ان اغتيال الشقاقي تم بأمر صدر عن رابين مباشرة، وأشرف رئيس الموساد شخصياً على التنفيذ من سفينة راسية مقابل مالطا، وان رابين اتخذ قرار تصفية الشقاقي بعد عملية نتانيا 21 قتيلاً بينهم 20 عسكرياً وقال موسى عرفات 3/11/95 مسؤول الاستخبارات العسكرية في غزة، ان اغتيال الشقاقي وضع نهاية لاتفاق جنتلمان بين حركة الجهاد والسلطة الفلسطينية على وقف الهجمات المناهضة لاسرائيل في الوقت الحاضر. أما يحيى عياش فقد اغتالته اسرائيل في قطاع غزة يوم 5/1/96 وكان "موشيه شاحال" وزير الأمن الداخلي الاسرائيلي أول من عقب على مقتل عياش للاذاعة الاسرائيلية قائلاً: "لن أتحدث عن النجاح الذي حققناه في تفاصيله الدقيقة، ولن أدخل في كيفية حصول ذلك، ولكن الحقيقة هي انه قضي عليه. وصرح "شمعون شتريت" وزير الشؤون الدينية "إننا نعلم انه ميت، لقد قتل في انفجار، وهذا يوم سنتذكره، لأن الرجل الذي كان مسؤولاً عن عدد من الهجمات الانتحارية على أبرياء في تل ابيب ورمات غان ورمات اشكول وبيت ليد، لم يعد حياً على وجه الأر ض". وقال: "يعقوب بيري" الرئيس السابق لجهاز "الشين بيت" للاذاعة "كل ما استطيع أن أقوله وبكل سرور، هو ان عمليات هذا الرجل توقفت، وأنا أرحب بذلك". شيع عشرات الألوف في اليوم التالي جثمان عياش في مدينة غزة، وشوهد سلاح "كتائب القسام" مجدداً خلال تشييع الجثمان بعد ان توارى عن الأنظار منذ اعلان السلطة عن حملة لجمعه. وقد شاركت المدن الفلسطينية الأخرى في التشييع من خلال اضراب عام ومظاهرات شملت مدن جنين وطولكرم ورام الله ونابلس. وقد اغلقت اسرائيل المناطق الفلسطينية، واستنفرت قواتها الأمنية، خوفاً من تهديدات حركة حماس بالرد على اغتيال عياش. ونقلت الصحافة الاسرائيلية: ان المطلوب الأول الآن بالنسبة الى اسرائيل هو "محمد ضيف"، وان اسحق رابين هو الذي اعطى الأمر لجهاز الاستخبارات بالقيام بكل ما هو ممكن للقضاء على عياش، وان خليفته "شمعون بيريز" أعطى التعليمات نفسها بعد توليه رئاسة الوزارة.
