اعتبر الحزب الاتحادي الديموقراطي السوداني المعارض بزعامة السيد محمد عثمان الميرغني أن الضربة الأميركية للسودان عمل "لا نقره من منظور وطني متجرد"، ووصف الهجوم بعد مرور عشر أيام على تنفيذه، بأنه جزء من "تصفية حسابات بين الولاياتالمتحدة والنظام الحاكم" في الخرطوم. وسجل الموقف الجديد الذي أعلنه الحزب بعد اجتماع لمكتبه التنفيذي عقد لمناقشة "التطورات بعد القصف الأميركي للخرطوم"، تغييراً في موقف التزمته المعارضة السودانية بتأييد الضربة. وأوضح بيان أصدره الحزب بعد الاجتماع، وتلقته "الحياة" أمس، أن "الفترة السابقة للقصف الأميركي لأحد المواقع في الخرطوم شهدت تطوراً ونمواً كبيرين في العمل الوطني المعارض" عدّد من أسبابه اجتماع قيادة المعارضة في القاهرة واتساع التظاهرات المعارضة وتفاقم الأوضاع المعيشية وازديادها سوءاً. وتابع: "أدى كل تلك التطورات إلى إحكام الخناق على النظام، فأيقن دنو نهايته حتى فوجئنا بالقصف الأميركي الذي لا نقره من منظور وطني متجرد والنظرة الموضوعية لموقف المعارضة الراهن". واعتبر أن الهجوم جاء "في إطار تصفية حسابات بين الولاياتالمتحدة والنظام. لأن مثل هذه الضربات لا يحل قضية السودان، فإن النظام سخر كل أدواته ووسائله لاستغلال هذه الأحداث لحشد الجماهير إلى جانبه، وكسب التعاطف الخارجي الذي حرم منه طويلاً بفعل سياساته الحمقاء". وأبعد الحزب نفسه عن اتهامات بالعمل لمصلحة قوى خارجية، مؤكداً أن "مواجهة النظام مهمة نضطلع بها في إطار التجمع الوطني الديموقراطي ونعتمد فيها على قدرات شعبنا ولا نسلك طرقاً أو مسالك أخرى ولا نستعين فيها بآخرين". وكان التجمع الوطني أعلن في بيان أصدره أمينه العام السيد مبارك المهدي تأييده الضربة الأميركية، لكن بياناً آخر أصدره اجتماع لقادة التجمع تجنب الاشارة إلى "مصنع الشفاء للأدوية" الذي استهدفته الضربة. واختلف موقف المعارضة في الخارج عن موقف جناحها داخل السودان، خصوصاً الحزب الاتحادي، إذ شاركت المعارضة الداخلية الحكومة في رفض الضربة واستنكارها.