انتقد الامين العام لمجلس كنائس الشرق الاوسط السيد سمير يوسف المزاعم الاميركية في شأن اضطهاد المسيحيين في مصر واعتبر اقباط المهجر الذين يتحدثون عن اضطهاد المسيحيين في مصر "المدفوعين من قبل اليهود الذين اشعلوا تلك الحملة عام 1995 تحت مسميات ودعاوى مختلفة في اطار لعبة سياسية داخلية في اميركا". وقال: "الهيئات المتحمسة لهذه المزاعم هم المسيحيون الاصوليون المخترقون من اليهود. وتحاول هذه الهيئات أن تنسب نفسها الى الدين المسيحي"، مشدداً في تصريحات ل"الحياة" على انه "ليس من حق اي تنظيم اميركي ان يُقحم نفسه في حياة المسيحيين في مصر". وزاد ان "هموم ومشاكل المواطنين المسيحيين في المنطقة تُحل في اطار الجماعة الوطنية ومن خلال الآليات والقنوات المشروعة، ونحن ضد التدخل الاجنبي وضد لجان التفتيش، واللجان التي تُعقد هنا وهناك". ودان يوسف قيام اسرائيل ببناء المستوطنات وقال: "اسرائيل تتبع سياسة تأتي في سياق مشروع متكامل يجري تنفيذه منذ فترة طويلة لإلغاء الطابع العربي عن القدس وتبديل معالمها وتحويلها مدينة ذات لون ديموغرافي وديني واحد". واكد ان مجلس كنائس الشرق الأوسط "يؤيد تحرير الاراضي العربية المحتلة عام 1967 بما فيها القدسالشرقية وحق الشعب الفلسطيني في اقامة دولته المستقلة على ارضه". واشار الى ان المجلس كان طالب الحكومات والهيئات الدولية ان تتحرك بسرعة للضغط على الحكومة الاسرائيلية للتراجع عن تهويد القدس، وقال: "القدس العربية أمانة في أعناقنا جميعا ونطالب الجميع ان يحافظوا عليها مدينة للسلام... مدينة للجميع... مدينة مفتوحة للأبد". ولفت الى ان مجلس كنائس الشرق الاوسط ضد التطبيع مع اسرائيل والحوار معها. وبخصوص برنامج الحوار الاسلامي - المسيحي الذي يقوده المجلس اوضح ان "البرنامج يحض على وحدة المجتمع وعلى ضرورة تخطي الذاتية في الرؤية والعمل بمقتضى الوفاق والعيش المشترك اضافة الى ضرورة الإقرار بالتعدد الديني باعتباره مقصداً من المقاصد الإلهية واحترام الآخر بوصفه آخر، والعمل على اعادة بناء التاريخ في روح العدالة والإخاء والتعاون والمساواة والمواطنة والحرية". واشار الى ان البرنامج يهدف الى مشاركة مفكرين اسلاميين ومسيحيين في المنطقة "للتأكيد أننا أمه واحدة نؤمن بإله واحد خالق كل شيء من خلال الاعتزاز بالتاريخ المشترك والسعي معاً من اجل مستقبل واحد". ومعروف ان مجلس كنائس الشرق الاوسط كان تأسس في بيروت، ونظراً لظروف الحرب اتخذ من نيقوسيا مقراً له ويضم كنائس منطقة الشرق الاوسط وهي الارثوذكسية الشرقية والكاثوليكية والانجيلية والروم الارثوذكس.