في الوقت الذي كشفت فيه التحقيقات البحرينية عن تورط إيراني مباشر في قضايا عدة تتعلق بأمن البحرين، قال مرشد الجمهورية الإسلامية في إيران علي خامنئي: «إن إيران لم ولن تتدخل في شؤون البحرين». واستدرك: «يجب الامتناع عن تحويل الصراع السياسي إلى حرب أهلية»، وأسِف على «تأجيج نيران الحروب وزعزعة الأمن في بلدان المنطقة». وعلى رغم تأكيدات خامنئي، الذي كان يتحدث خلال إلقائه خطبة عيد الفطر، أن بلاده لم تتدخل في شؤون البحرين، فإن قائد فيلق القدس في الحرس الثوري الإيراني قاسم سليماني قال في وقت سابق، في بيان نشرته وكالة فارس الإيرانية: «إن قرار الحكومة البحرينية سحب الجنسية من عيسى قاسم لا يترك خياراً للناس سوى اللجوء إلى المقاومة المسلحة»! وهو ما وصف في حينه أنه استمرار لحملة التحريض والتدخل التي تمارسها إيران في المنطقة، لاسيما البحرين في شكل سافر، علماً أن المنامة لا تتمتع بعلاقات ديبلوماسية مع طهران، بعد قرار المقاطعة الذي اتخذته رداً على التجاوزات المتواصلة. خامنئي، الذي كان تحدث أثناء لقائه مسؤولين إيرانيين بارزين وسفراء دول إسلامية في طهران، قال إنه أسِف «على ما آل إليه الوضع في العالم الإسلامي» و«تحوّل العيد لدى شعوب إلى عزاء». وتطرّق إلى هجمات إرهابية شهدها العراق وتركيا وبنغلاديش، خلال شهر رمضان، معتبراً أن «هذه الجرائم إحدى نتائج إعداد الإرهابيين من أجهزة الاستخبارات في أميركا وبريطانيا والكيان الصهيوني». وأكد المرشد الإيراني أن فضيحة الرواتب الضخمة لمديرين حكوميين «خيانة» للنظام والمال العام، منبهاً إلى أن التقاعس عن مواجهة ذلك قد يقوّض الثقة بالنظام، ويؤدي إلى «كارثة»، رافضاً اعتبار القضية الفلسطينية «شأناً عربياً داخلياً»، مؤكداً أن الأمر «كفاح واجب على جميع المسلمين». أما الرئيس الإيراني حسن روحاني فأكد «ضرورة تشكيل تحالف حقيقي لمكافحة الإرهاب، بدل «تحالفات زائفة» على حد وصفه، معتبراً أن «انتشار الإرهاب والتطرف والمجازر والتشرد، في دول إسلامية كثيرة، يشكّل مصيبة بالنسبة إلى العالم الإسلامي».