بين أكثر الشبه تردداً في الساحة الجهادية «عدم الاعتراف بالحدود السياسية وتعدد الدول الإسلامية والقتال لإقامة الخلافة»، بقولهم: «الله تعالى جعل الأمة الإسلامية أمة واحدة، فيجب أن تكون البلاد الإسلامية بلداً واحداً تحت إمام واحد هو خليفة المسلمين، أما الواقع المعاصر فإنه من وضع الاستعمار الذي أقام هذه الحدود السياسية بيننا وفرقنا إلى دويلات ضعيفة، بعد إسقاطه الخلافة». والجواب عن ذلك، أن السنة أن تكون الأمة الإسلامية تحت راية واحدة هذا صحيح من حيث الأصل، لو كان ذلك باختيار الأمة واستطاعتها، لكن إذا كان الواقع يخالف ذلك فالشريعة أثبتت شرعية كل من ثبتت له الولاية في بلده الذي تغلب عليه، واستقرت الأمور له، ولو كان عبداً حبشياً، كما جاء في الحديث الصحيح، يقول شيخ الإسلام ابن تيمية رحمه الله: (والسنة أن يكون للمسلمين إمام واحد والباقون نوابه فإذا فرض أن الأمة خرجت عن ذلك لمعصية من بعضها وعجز عن الباقين أو غير ذلك وكان لها عدة أئمة لكان يجب على كل إمام أن يقيم الحدود ويستوفي الحقوق». ويرى الباحث كذلك أن «الانقسام في الأمة ونشأة عدة دول إسلامية ليس وليد الاستعمار كما ذكر في الشبهة، وإنما هو قديم سابق للاستعمار، فمن أثناء الدولة العباسية إلى يومنا هذا والمسلمون لم يجتمعوا على خليفة واحد وإنما تعددت ولاياتهم، وإن كان الاستعمار زاد من هذا التفرق والاختلاف». وأكد أن «ما جاء في الشبهة أن الاستعمار سعى في إسقاط الخلافة الجامعة ليس بصحيح أيضاً إذ لم يوجد بعد عصر الراشدين خلافة وإنما وجد ملك عاض ودول إسلامية ملكية، فالدولة الأموية لم تكن خلافة وإنما هي ملك عاض يتوارثون الملك في ما بينهم وكذلك في الدولة العباسية والعثمانية وغيرها، وهذا مصداق ما أخبر به النبي صلى الله عليه وسلم في نصوص كثيرة». وأضاف: «إذا تقرر ثبوت شرعية كل سلطان تغلب على بلد واستقر الأمر له فالحدود السياسية حدود معتبرة شرعاً، والطاعة واجبة بالمعروف لكل حاكم مسلم متغلب في بلده، وعلى كل حاكم مسلم أن يقيم حدود الله في حدود ولايته، وهذا الاختلاف السياسي لا ينافي الوحدة الدينية بين الدول الإسلامية، وهذا جار حتى في الدول غير المسلمة والتي قد يجمعها دين واحد وبينها حدود سياسية معتبرة كما في أوروبا وغيرها». أما القتال من أجل الخلافة فقال عنه: «لم يقل أحد من العلماء بوجوب القتال من أجل إقامة الخلافة الإسلامية، بل إنهم اختلفوا في حكم اختيار الملك على الخلافة مع القدرة على الخلافة، فمنهم من جعل ذلك جائزاً، ومنهم من منعه وجعله ذنباً ثم اختلفوا في كونه كبيرة أو صغيرة لكنهم لم يختلفوا في وجوب السمع والطاعة للملك كما يكون السمع والطاعة للخليفة». وزاد «القتال من أجل إعادة الخلافة المفقودة كما يزعم صاحب الشبهة مع ما فيه من مخالفة للنصوص في السمع والطاعة للحاكم المتغلب وإن كان عبداً حبشياً كما تقدم فهو تضليل لإجماع الأمة الإسلامية بعد الخلافة الراشدة إلى يومنا هذا والتي سمعت وأطاعت لملوك وسلاطين المسلمين في دولهم المختلفة، ولم تنازعهم في ولاياتهم أو تحرض على الخروج عليهم من أجل إقامة الخلاقة ولا تجتمع أمة محمد صلى الله عليه وسلم على ضلالة».