كثفت السلطات الاسرائيلية اعتداءاتها على المسجد الاقصى ما ادى الى تصاعد النداءات والتحذيرات من الاخطار المحدقة بالمسجد وابرزها اعتداءات المستوطنين الاسرائيليين وأعمال الحفريات التي تنفذها سلطات الاحتلال الإسرائيلي تحت أساسات المسجد، ومحاولات تقسيمه. وتتعدد مبررات وذرائع الاحتلال باقتحام المسجد، لكن أبرزها مناسبات الأعياد اليهودية والتذرع باقامة صلوات بداخله، أو بهدف التمهيد لإعادة بناء الهيكل اليهودي المزعوم على أنقاضه، أو لجمع المعلومات والتصوير. ولم يقتصر حجم الانتهاكات والتعدي على المسجد فقط، بل استخدم الاسرائيليون سلاحا أخر وهو اعتقال الفلسطينيين الذين يعترضون طريقهم في ممارسه طقوسهم وشعائرهم داخل باحات الأقصى. وبدأت محاولات تقسيم الاقصى بعد العام 1967، واصدرت قاضية في المحكمة المركزية الإسرائيلية في العام 1976 اول قرار يجيز لليهود الصلاة داخل الحرم. وفي العام 1981 اقتحم أفراد من حركة "أمناء جبل الهيكل" المسجد برفقة حاخامات، وأرادوا الصلاة فيه وهم يرفعون العلم الإسرائيلي ويحملون كتب التوراة. وفي العام 1986 عقد عدد من الحاخامات اجتماعًا قرروا فيه بصورة نهائية السماح لليهود بأداء طقوسهم الدينية في المسجد الأقصى، ثم سمحت الشرطة الإسرائيلية رسميا، وللمرة الأولى في العام 1989 بإقامة صلوات للمتدينين اليهود على أبوابه. وانتهى القرن العشرين بأبرز اقتحام للمسجد نفذه رئيس الوزراء الأسبق أرييل شارون في 28 سبتمبر في العام 2000، وهو الاقتحام الذي فجر انتفاضة الأقصى. وقررت حكومة الاحتلال في آب (أغسطس) 2003 إعادة إدخال اليهود والسياح الأجانب إلى المسجد الأقصى، بعد توقفها إثر الانتفاضة، وحاول 150 يهوديا اقتحام المسجد لأداء طقوس في داخله. واقتحمت قوات الاحتلال في العام 2004 باحات المسجد، وأسفر ذلك عن إصابة عشرات المصليين بالأعيرة المطاطية وقنابل الغاز. وفي شباط (فبراير) من نفس العام اقتحمت قوات الاحتلال المسجد اثناء صلاة الجمعة، ما أدى إلى إصابة 24 شخصاً بينهم نساء. وفي العام 2008 اقتحمت مجموعات من المستوطنين والحاخامات ورجال السياسة الاسرائيليين المسجد الأقصى، وتكرر الاقتحام في العام 2009، بحجة أداء صلوات بمناسبة "عيد الفصح اليهودي"، بالإضافة إلى اقتحام وزير الأمن الداخلي للاحتلال يتسحاق أهرونوفيتتش المسجد. وسيطرت قوات الاحتلال في 2010 على المسجد عقب صلاة الجمعة لاختبار قدرتها في السيطرة على الباحات، وأسفر ذلك عن إصابة أكثر من 60 شخصا. وفي ديسمبر 2011 استطاعت قوات الاحتلال اقتحام المسجد وإقامة شعائر دينية يهودية تحت حراسة، وذلك لمناسبة ما يُطلق عليه "عيد الحانوكا" (الأنوار). وفي 2012 أعلن أعضاء في حزب "ليكود" نيتهم اقتحام المسجد بهدف الدعوة إلى بناء الهيكل المزعوم. واتخذ الكنيست الإسرائيلي في العام 2013 قرارات تمنح الإسرائيليين بموجبها حرية الصلاة في المسجد الأقصى، في أي وقت يريدونه، كما طالبت الشرطة بتامين الحماية لهم. وفي 8 تشرين الأول (أكتوبر) من العام 2014 اقتحمت مجموعة من المستوطنين المتطرفين باحات المسجد الأقصى للاحتفال ب"عيد العرش"، ما نتج عنه اصابة العشرات من المصليين الفلسطينيين. واقترح اليمين الإسرائيلي بقيادة حزب "ليكود"، تمهيدا لتهويد المسجد الأقصى، تقسيما لساحات المسجد زمانيا بين الفلسطينيين والمحتلين الإسرائيليين في غير أوقات الصلاة، كمرحلة أولية يتبعها تقسيم مكاني، ثم السيطرة الكاملة عليه لاحقا، وتغيير هويته ببناء ما يسميه الاحتلال الإسرائيلي "الهيكل الثالث" مكان قبة الصخرة. واعتبر الاقتراح "المرابطين" و"المرابطات" في الأقصى "تنظيما محظورا" وذلك بتوصية من جهاز الامن الإسرائيلي. ودانت "المنظمة العربية لحقوق الإنسان"، جرائم الاحتلال الإسرائيلي في القدس العربية، مطالبة الأممالمتحدة بضرورة عقد جلسة طارئة للنظر في الانتهاكات الإسرائيلية الخطيرة، لا سيما في القدسالمحتلة، وما يرافقها من تداعيات.