تضمن تعيين مهمات وصلاحية «الهيئة» وآليات عملها كجهة إشراف، تتمتع بشخصية اعتبارية وذات ميزانية مستقلة، وترتبط برئيس مجلس الوزراء ويكون مقرها الرئيس مدينة الرياض، ولها إنشاء فروع أو مكاتب في مناطق المملكة بحسب الحاجة. كما تضمن نص النظام إنشاء صندوق يسمى «صندوق دعم الجمعيات» يرتبط بالمجلس، وتكون مهمته دعم برامج الجمعيات وتطويرها وفقاً لما تحدده لائحة الصندوق. وسيحل محل نظام الجمعيات والمؤسسات الخيرية القائم حالياً (المكوّن من 23 مادة)، الصادر بقرار مجلس الوزراء رقم 107 بتاريخ 25/6 /1410 وكل ما يتعارض معه من أحكام. ومن أهم إيجابيات النظام الجديد استبدال مسمى الهيئة بمسمى الوزارة كما ورد في المشروع القديم كجهة إشراف على عمل الجمعيات والمؤسسات وكذلك تقيد صلاحياتها التي كانت شبه مطلقة في التدخل المباشر في سير عمل الجمعيات والمؤسسات الأهلية، ورصد ومراقبة وإجازة فعالياتها وتحديد نشاطاتها وصلاحية حلها وإعادة تشكيلها وفقاً لمرئياتها.