أعلن الدكتور "محمد البرادعي" نائب رئيس الجمهورية المصري للشئون الدولية استقالته من مهام منصبه لرفضه فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة بالقوة، وأشار "البرادعي" في بيان استقالته إلى أنه كان هناك بدائل سلمية لفض هذا الاشتباك المجتمعي، وكانت هناك حلول مطروحة ومقبولة لبدايات توافق وطني، وأضاف "البرادعي": الأمور سارت إلى ما سارت إليه، ومن واقع التجارب المماثلة فإن المصالحة ستأتي في النهاية، ولكن بعد تكبدنا ثمنًا غاليًا كان من الممكن تجنبه. وبيّن في رسالته أنه أصبح من الصعب عليه أن يستمر في حمل مسئولية قرارات لا يتفق معها، ويخشى عواقبها، ولا يستطيع تحمل مسئولية قطرة واحدة من الدماء أمام الله، ثم أمام ضميره، ورأى "البرادعي" أن فإن المستفيدين مما حدث هم دعاة العنف والإرهاب والجماعات الأشد تطرفًا. وقد أثارت هذه الاستقالة ردود فعل واسعة النطاق على الساحة المصرية، فمن جانبه انتقد الدكتور "حسن نافعة"، أستاذ العلوم السياسية، استقالة الدكتور "البرادعي"، وشبهه بالجندي الذي هرب من المعركة قبل انتهائها، وقال نافعة: "إن الدكتور البرادعي نفسه قصير قال إنه سيتقدم في الانتخابات الرئاسية، وانسحب رغم حظوظه الواسعة، وقدرته في التواصل محدودة، موضحًا أنه كان توقع استقالته لأن البرادعي كثير التردد وانسحابه من المشهد يُسيء له وللدولة. ووصف "محمد أنور السادات"، رئيس حزب الإصلاح والتنمية، استقالة البرادعي رسمياً من منصبه كنائب لرئيس الجمهورية بأنها نوع من إرضاء الغرب على حساب الوطن، وهروبًا صريحًا من المسئولية التى أثبت صراحة أنه غير قادر على تحملها، ورأى السادات أنه شخص غير مؤهل للمسئولية أو لأن يكون رجل دولة، موجهًا اللوم لأعضاء تمرد وتنسيقية 30 يونيو والثوريين الذين اختاروه كمفوض عن الشعب، وكانوا سببًا رئيسيًا في وجوده كنائب لرئيس الجمهورية. فيما اعتبرت حركة تمرد "استقالة البرادعي في هذه اللحظات التاريخية هروباً من المسئولية"، قائلة: "كنا نتمنى أن يقوم بدوره لإيضاح الصورة للرأي العام العالمي والمجتمع الدولي، وشرح أن مصر تواجه إرهابًا منظمًا خطورته كبيرة على الأمن القومي المصري". وقال الكاتب الصحفي "مصطفى بكري" إن استقالة البرادعي متوقعة، ولكنه انتظر موقف الأميركان والغربيين الذين أعلنوا رفضهم لإعلان الطوارئ، مضيفاً أن "البرادعي لا يهمه أمن مصر وموقفه مضاد لها، وهو يرعى مصالح الأميركان في المنطقة". بينما رأى الدكتور "وحيد عبدالمجيد"، القيادي بجبهة الإنقاذ الوطني، أن البرادعي من حقه اتخاذ قرار استقالته من منصب نائب رئيس الجمهورية، وأن له وجهة نظر فيها الآن، لكنهم يختلفون معه فيها، لأنه يعتقد أن استقالته ترجع إلى أن عدم احتواء الإخوان سيؤدي إلى تصاعد العنف والإرهاب، مؤكداً أن "الخضوع للإخوان الآن هو الذي سيؤدي إلى تصاعد العنف والإرهاب". وعلّق المخرج السينمائى "خالد يوسف" على خبر اسقالة الدكتور محمد البرادعي نائب رئيس الجمهورية للشئون الخارجية، قائلاً: "استقالة البرادعي خيانة لشعب مصر وثورته"، وقال يوسف في تغريدة له على "توتير": "إن البرادعي يضع سلاحاً في يد كارهي استقلال هذا الوطن ليضربونا به فليسقط من تخلي عن شعبه، وهو وسط المعركة". واستنكر السفير محمد العرابي، رئيس حزب المؤتمر الموقف المتخاذل للدكتور البرادعي، في الوقت الذي تخوض فيه مصر معركة ضد الإرهاب والبلطجة، وتواجه فيه تنظيماً دولياً مدعوماً بقوى خارجية. وقال أسامة هيكل، وزير الإعلام السابق، إن هناك علامات استفهام كبيرة حول استقالة الدكتور محمد البرادعي، نائب رئيس الجمهورية، عقب البيان الذي صدر من قبل الإدارة الأمريكية مباشرة، ووصف "هيكل" الاستقالة ب"الغير المريحة"، وأثبت أن البرادعي لا يقدر على تحمل المسئولية. واستنكر الدكتور ثروت الخرباوي القيادي السابق بجماعة الإخوان المسلمين، تقدّم الدكتور محمد البرادعى باستقالته من منصب نائب رئيس الجمهورية، ووصفها بالخيانة الكبرى لمصر، مؤكداً أن البرادعي يعطي صورة خاطئة للغرب بأن السلطات تعدت على المعتصمين، وهذا هو منتهى الخطأ. وقال فريد زهران، نائب رئيس الحزب المصري الديمقراطي الاجتماعي، إن الدكتور محمد البرادعي نائب رئيس الجمهورية للشئون الدولية له كامل الاحترام والتقدير، ولكن تقدّمه باستقالته هو امتداد للتصرفات الفردية التي كان يقوم بها، وكانت موضع انتقاد من الكثيرين.