ينتظر المشير عبدالفتاح السيسي، الذي اكتسح الانتخابات الرئاسية المصرية، عدد من الملفات الساخنة، والتي بحسب خبراء، ستلعب دوراً بارزاً في تحديد طبيعة علاقة الرئيس المنتظر، بالشعب. ويؤكد عدد من الخبراء أن وعود السيسي بإفساح المجال للشعب بالعمل، أحد أهم الملفات التي تنتظره في القصر، فبحسب المحلل السياسي سعيد اللاوندي، فإن عددا من الملفات ستكون على طاولة الرئيس، منذ هذه اللحظة، تتوازى في أهميتها منها تحقيق الأمن والصحة والاستثمار والسياحة والبطالة، التي أصبحت مفروضة على المشير منذ اليوم الأول، ما يعني أن السيسي يحتاج إلى فريق رئاسي متكامل يتمتع بالخبرة والمعرفة، وأن يتجنب اختيار أصحاب الولاء وليس الخبرات". أما سمير غطاس، رئيس منتدى الشرق الأوسط، فيرى أن "السيسي ورث إرثاً كبيراً وثقيلا، خاصة السنوات الثلاث السابقة التي أثقلت مصر بمشكلات كبرى وملفات شديدة التعقيد، يصعب على أي رئيس مواجهتها، مما يعني أن عليه بذل مزيد من الجهد، خاصة على صعيد تغيير سلوك المصريين، وأن يقنعهم بأن عليهم تحمل المسؤولية في بناء مصر الجديدة، واستنفار الأحزاب السياسية الضعيفة، فالأمر ليس منوطا به فقط، كما أن عليه عدم الاعتماد على أعضاء حملته لأن أداءهم ضعيف وأقل من المتوسط، وعليه أن يعتمد على أصحاب الكفاءات". وقال المفكر السياسي جمال أسعد، "إن الدستور حدد حق المواطنة دون تحيزات دينية أو عرقية، ومن الطبيعي أن يكون الرئيس على وعي بالدستور، ويكون اختياره بناء على الدستور دون تحيزات أو حسابات مسبقة". وفيما يتعلق بالملف القبطي، قال أسعد "إن الأقباط والمصريين جميعا يشعرون أن الرئيس السيسي قادر على حل التراكمات الطائفية، خاصة أن مساندة الأقباط للسيسي ستكون مستمرة خلال فترة رئاسته، على السيسي كرئيس أن يعلم أن المواطنة والدولة المدنية وتطبيق القانون بالمساواة بين الجميع الحل الأمثل للمصريين، ومنهم المواطن المسيحي وغير المسيحي، وما يعطينا الأمل كلامه عندما أكد أنه لا وجود للدولة الدينية، ولا وجود لشيء اسمه مواطن مسلم ومواطن مسيحي، إنما مواطن مصري، وأن مصر دولة مدنية، وأن العلاقة بين المصريين هي علاقة مصرية توافقية قائمة على حق المواطنة، وإذا نفذ الرئيس ذلك، نكون وصلنا لحل حقيقي لكل مشاكل المصريين ومنهم الأقباط". وفيما يتعلق بالعلاقة بين السيسي "رئيساً" والإخوان، قال عمرو موسى، رئيس لجنة الخمسين لصياغة الدستور الأمين العام الأسبق لجامعة الدول العربية، في تصريحات صحفية، "إن الباب مفتوح أمام الجميع للمشاركة في العملية السياسية، لكن علينا ألا ننسى أن الإخوان هم الذين رفضوا المشاركة، كما رفضوا قبول فكرة وجود رئيس جديد، والمصريون مرتاحون لعملية التصويت التي جرت في انتخابات الرئاسة، ويريدون رئيسا يقود دولة قوية ديموقراطية على طريق دخول مصر عصر الجمهورية الثالثة، ومصر في حاجة لعملية إصلاح شاملة لتطبيق الحكم الرشيد ومحاربة الإرهاب والفساد والكسل، كما أن هناك حاجة لصياغة إطار جديد يأخذ في الاعتبار التطورات الزمنية ومجموعة العلاقات الدولية، كما يأخذ في الاعتبار وضع نظام أمني جديد للمنطقة كلها". وقال نبيل نعيم، مؤسس تنظيم الجهاد في مصر سابقاً، "إن نتيجة الانتخابات الرئاسية وفوز المشير السيسي، تعد تصريح دفن لجماعة الإخوان المسلمين، خاصة أن الجماعة أصابها العمى وفشلت في الحصول على تأييد الشعب المصري، مما يجعلنا نحذر من فتح ملف المصالحة الوطنية مع جماعة الإخوان المسلمين، فالشعب المصري الذي لفظ تلك الجماعة، لن يقبل بإجراء مصالحة وطنية معها". وتوقع اللواء سامح سيف اليزل، رئيس مركز الجمهورية للدراسات السياسية والأمنية، أن يجهز "الإخوان" ما وصفه ب"بالونات اختبار"، لمعرفة مدى جدية النظام المقبل وقوة الدولة بعد فوز المشير السيسي بمنصب رئيس الجمهورية، مضيفاً أنه "من الوارد أن تنفذ الجماعة عمليات إرهابية وتخريبية، وأن تنظم عدداً من المظاهرات غير السلمية، لكن الرئيس السيسي سيواجه هذه العمليات بكل حسم، وسيتصدى لها من خلال تفعيل قانون التظاهر بشكل حاسم حيال المخالف، ولن يسمح لعناصر الإخوان بنشر الفوضى في الشارع المصري".