تنص المادة ال 11 من نظام هيئة حقوق الإنسان على أن الهيئة تتكون من الإدارات الآتية: أ- إدارة الشؤون القانونية والدراسات والبحوث: وتكون مهماتها تقديم الاستشارات الشرعية والنظامية المقارنة فيما يتعلق بمسائل حقوق الإنسان، وما يحيله إليها مجلس الهيئة أو رئيسها، وكذلك الإسهام في إعداد تقارير السعودية الدورية المترتبة على انضمامها إلى الصكوك الدولية لحقوق الإنسان، وإعداد الرد على الدعاوى في مسائل حقوق الإنسان أو إقامتها. ب- إدارة المنظمات والعلاقات الدولية: وتكون مهماتها التنسيق مع المنظمات الدولية المختصة بمسائل حقوق الإنسان، الحكومية وغير الحكومية، والمؤسسات المعنية بذلك، ومتابعة قضايا السعوديين الذين تتعرض حقوقهم للانتهاك خارج السعودية. ج- إدارة تلقي الشكاوى: وتكون مهماتها استقبال الشكاوى من الأفراد والمؤسسات والمنظمات وغيرها، في مسائل حقوق الإنسان، والتحقق من صحتها، وذلك تمهيدا لإحالتها إلى الإدارة المعنية في الهيئة. د- إدارة المتابعة والتحقيق: وتكون مهماتها متابعة أية شكوى حتى الوصول إلى حلها، وزيارة السجون ودور التوقيف، وفق ما يقدره مجلس الهيئة في هذا الخصوص من دون إذن من جهة الاختصاص، والتحقيق فيما يتطلب الأمر التحقيق فيه من مخالفات في مسائل حقوق الإنسان، ورفع النتائج إلى مجلس الهيئة. ه- إدارة العلاقات العامة: وتكون مهماتها التنسيق بين الإدارات المعنية في الهيئة، وما يحيله إليها مجلس الهيئة أو رئيسها من طلبات في هذا الشأن، ومتابعة ما ينشر في وسائل الإعلام المختلفة فيما يتعلق بحقوق الإنسان، والإسهام في الترتيبات عند إقامة المؤتمرات والندوات ذات العلاقة. و- إدارة الشؤون المالية والإدارية: وتكون مهماتها متابعة شؤون منسوبي الهيئة، وما يتعلق بميزانيتها، وممتلكاتها، وما يكفل تسيير عملها.