يقدم مركز الأطفال المعوقين بجازان منظومة متكاملة من برامج الرعاية والعلاج والتعليم والتأهيل والتدريب والتوعية المجانية، إلى جانب الخدمات الاجتماعية والاستشارية للأطفال المعوقين وذويهم. وتبدأ الخدمات العلاجية بقسم الاستقبال، ومن ثم يحال الطفل إلى العيادات الاستشارية لإجراء الفحص العام والتشخيص من قبل فريق التقييم، وبعد تقييم حالته يوضع برنامج تأهيلي لكل حالة على حدة، وتتكامل جهود عدد من الوحدات في تنفيذ برامج العلاج والتأهيل هي: العلاج الطبيعي، العلاج الوظيفي، عيادة الأسنان، عيادات علاج عيوب النطق وعلل الكلام، وحدة الخدمة الاجتماعية، وحدة الإقامة اليومية، المسبح الطبي. أما البرامج التعليمية فتأتي في إطار استثمار الجمعية لرصيد خبرتها التراكمية والذي يمتد إلى 25 عاما في مجال تعليم الأطفال المعوقين وتأهيلهم لتكون مراكزها بمثابة قاعدة علمية وطنية لتطوير برامج الرعاية المقدمة لهذه الفئة، حيث تطبق الجمعية استراتيجية متكاملة لمواكبة أرقى البرامج المنفذة، وبما يتناسب مع طبيعة إعاقات الأطفال والبيئة المحيطة. وتتولى الوحدة النفسية العناية بالطفل وتقييم قدراته العقلية بواسطة استخدام مقاييس الذكاء من أجل تحديد عمره العقلي مما يمكن المتعاملين معه سواء الأهل أو المعلمة من وضع أهداف تساعد على تطوير قدراته، وتأهيله لتجاوز ظروف إعاقته والتعامل مع الآخرين. ويقام سكن خاص للموظفات المختصات ممن تم استقطابهن من خارج جازان، ويضم ثماني وحدات سكنية مجهزة ومؤثثة وذلك لإقامة فريق العمل التأهيلي الذي يضم متخصصات تتطلب ظروف التعاقد معهن توفير السكن لهن داخل مبنى المركز. كما خصصت وحدة ضمن مبنى المركز لورشة الأجهزة المساعدة، وأخرى للأنشطة التدريبية، وثالثة للخدمات المساندة، ومقر للإقامة اليومية الطويلة مخصص للأطفال الذين يحصلون على برامج تأهيلية مكثفة بمشاركة الأمهات، حيث يتم تدريبهن على كيفية تعامل أفراد الأسرة مع الطفل، ووسائل تطوير قدراته. ويضم المركز مسبحا طبيا يتلقى فيه الأطفال جزءا من برنامج العلاج الطبيعي والتأهيل بالماء. وتتعدد شروط القبول بمراكز الجمعية ومنها: أن يكون لدى الطفل إعاقة (جسدية مركبة) أساسية بناء على تشخيص استشاري الأطفال، قادرا على الاستفادة من البرنامج التعليمي بالمركز وألا تزيد إعاقته العقلية على المستوى البسيط حتى يستفيد من البرامج التعليمية، ألا يزيد عمره على 12 عاما، أن تكون قوى الطفل البصرية والسمعية على درجة تمكنه من الاستفادة من البرنامج التعليمي، ولا يقبل الأطفال المكفوفون أو الصم أو البكم (صمما كاملا)، أن يكون الطفل سعودي الجنسية أو سعودي الأم.