قدمت جامعة الحدود الشمالية حوافز تشجيعية لتسهيل وتشجيع الطالبات والطلاب الدارسين في برنامج الانتساب المدفوع من منسوبي الجامعة والجهات المستفيدة الأخرى من ذوي الظروف الخاصة أو ضعيفي الدخل، وذلك لمساعدتهم وتخفيف الأعباء المالية عنهم وحثهم على الحصول على أعلى المعدلات. يذكر أن اللجنة التي تدارست الرسوم تولت رفعها لمدير الجامعة الدكتور سعيد عمر آل عمر الذي اعتمد التوصيات والمتضمنة إعفاء الجهات المستفيدة من الضمان الاجتماعي، الجمعيات الخيرية لجنة رعاية السجناء والمفرج عنهم وأسرهم، المتعافين من الإدمان والأيتام من الرسوم الدراسية كليا، إعفاء بنسبة 25 في المائة من الرسوم الدراسة لمنسوبي الجامعة في برنامج الانتساب، إعفاء بنسبة 50 في المائة لمنسوبي الجامعة الحاصلين على معدل تراكمي 3.5 فأكثر، إعفاء?بالكامل لكل طالبة أو طالب انتساب من الحاصلين على معدل تراكمي 4.5 فأكثر من الرسوم.