يضم جنوب السودان ثلاث مجموعات سلالية رئيسة هي: النيليون، النيليون الحاميون، والمجموعة السودانية. ويأتي على رأس هذه السلالات من حيث العدد والنفوذ والقوة النيليون. ومن هذه السلالات انحدرت قبائل الجنوب السوداني مشكلة نسيجا اجتماعيا معقدا نقف عند بعض بنياته: النيليون ينتمي إلى هذه المجموعة ثلاث قبائل تلعب دورا مهما في الجنوب السوداني وهي الدينكا، النوير، والشلك. ويذهب علماء السلالات إلى أن هذه القبائل تنتهي إلى جد واحد. قبيلة الدينكا يقدر عدد الدينكا بنحو 3 ملايين نسمة، وهي كبرى المجموعات الإثنية في السودان التي تضم حوالي 500 مجموعة إثنية غير الدينكا. وتعيش الدينكا في فضاء جغرافي يمتد من شمال مديريات الإقليمالجنوبي (بحر الغزال والنيل الأعلى) إلى جنوب كردفان (حول مجرى النيل) حيث يقع خط تماسهم مع قبائل البقارة. قبيلة النوير يسكن النوير في فضاء جغرافي يقع أساسا في إقليم أعالي النيل أي مناطق السوباط والناصر وميورد وأيود ومحافظة اللير، ويمتدون إلى داخل حدود الحبشة. وتكثر المستنقعات في هذا الفضاء، وقد زاد ذلك من عزلة النوير ونزوعهم الاستقلالي والاعتزاز بالنفس كما زاد في صعوبة اختراق مناطقهم. ويمتاز النوير بأن لهم لهجة واحدة وأسلوبا في الحياة متشابها إلى حد بعيد. قبيلة الشلك هي أقل المجموعات الثلاث تعدادا، وتعيش في شريط على الضفة الغربية للنيل الأبيض من كاكا في الشمال إلى بحيرة نو في الجنوب. وقبيلة الشلك ذات نظام سياسي مركزي تحت قيادة ملك أو سلطان يطلقون عليه لقب «الريث» ويجمع الريث بين السلطة الزمنية والسلطة الروحية في صبغة مشابهة للتقاليد المصرية الفرعونية القديمة. ومن أهم قبائل النيليين الحاميين: الباري والمنداري والتوبوسا والتوركاتا، ويخضع أفرادها لسلطة سياسية قبلية جماعية. المجموعة السودانية ينتمي إلى هذه المجموعة قبائل الزاندي، الموز، المادي، البون جو، والقريش، وعبارة المجموعة السودانية اصطلاح سلالي عرقي وليس اصطلاحا سياسيا، وتوجد قبائل هذه المجموعة في فضاء جغرافي يقع أساسا غربي النيل.