حددت وزارة التعليم آلية معالجة انقطاع الطلاب والطالبات والقادمين من الخارج لاستكمال دراستهم في المرحلة الثانوية. وبينت أنه بالنسبة للطلاب المنقطعين يشترط النجاح في جميع مواد الصف الدراسي، ويتم احتساب المعدل التراكمي حسب ما يتحصل عليه بنظام المسارات، ويلتحق الطالب الحاصل على شهادة الصف الأول ثانوي بالنظام السنوي بالصف الثاني ثانوي بنظام المسارات بالمسار المناسب وفق ضوابط اختيار المسار أو تغييره. وأشارت إلى منع التحويل من نظام المقررات إلى نظام المسارات إلا في حدود معينة أو حال انتهاء تطبيق المقررات. وأوضحت الوزارة أن الطالب يلتحق في السنة الثانية في حال تمت معادلة 66 أو أكثر من مواد السنة الدراسية الأولى وفق لائحة المعادلات، ويلتحق في السنة الثالثة في حال تمت معادلة 66 أو أكثر من مواد السنة الدراسية الأولى والثانية وفق لائحة المعادلات، ويلتحق في الفصل الدراسي المتسق مع الخطة الدراسية، ويعتبر متعثراً في المواد الدراسية للفصول الدراسية السابقة والمواد الدراسية التي لم تتم معادلتها. مشيرةً إلى أن الطالب الذي تبقى له أكثر من 35 مقرراً في نظام المقررات يتم إالحاقه في نظام المسارات كطالب مستجد في السنة الأولى لتطبيق نظام المسارات؛ مع مراعاة ضوابط القبول والتسجيل، لافتةً إلى أن الطلاب القادمين من الخارج والطلاب الملتحقين بالدراسة من أنظمة دراسية لا تتوافق مع الخطط الدراسية لنظام المسارات تعادل شهاداتهم، ويقبلون بالصفوف المناسبة حسب نظام القبول والمعادلات الصادر من وزارة التعليم، وإذا صادف قدومهم أثناء العام الدراسي وقبل انتهاء الفصل الثاني يعاملون معاملة الطالب المنقطع، وتعالج أوضاعهم حسب موعد حضورهم، ويحتسب لهم المعدل بدءا من الفصل الدراسي الذي درسه بنظام المسارات ويحق للطالب العودة للدراسة بعد الانقطاع الذي لا يزيد عن فصل دراسي، ويستأنف دراسته، من المستوى الذي انقطع منه ويعالج وضعه الدراسي بموجب اختبار الدور الثاني أو اختبار مواد التعثر وما يتبقى له من مواد يحملها ويختبرها مع اختبار مواد التعثر، ويراعى ألا تتجاوز مواد الرسوب والانقطاع أو التأجيل في عام واحد 66 من عدد مواد السنة الدراسية.