أوضح القيادي في تنظيم الجهاد الدكتور محمد الظواهري، شقيق زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري، أن المبادرة التي طرحت للمصالحة مع الولاياتالمتحدة والغرب، شخصية تماماً، وهي بين مجمل الحركة الإسلامية وبين أمريكا، مشيراً إلى أنه يطرح نفسه كوسيط وليس كطرف، كما أكد أن الموضوع قابل للمناقشة من قبل الطرفين وليس مفروضاً على أحد. وفي سياق المبادرة، لفت إلى أن معرفته بالجانبين تجعله قريباً من فكرهما معاً ويمكن أن يكون الطرح مقبولاً من الجانبين، مشيراً إلى أن أسامة بن لادن وأيمن الظواهري طرحا مبادرات من قبل ولم تتم الاستجابة من الغرب. إلى ذلك، شدد في حديثه لبرنامج "الحدث المصري" على "العربية"، على أن الفكر السلفي الجهادي ليس فئة خاصة من الأمة الإسلامية، وأن تنظيم الجهاد يمثل الإسلام عموماً ويسير على دين الإسلام بوسطيته، وإذا ثبت عكس ذلك فهم على استعداد للمراجعة فوراً. ولفت إلى وجود اختلافات محصورة فقط في التطبيقات والرؤى بين القوى الإسلامية سواء الجماعة السلفية أو الجماعة الإسلامية. وأشار إلى أن المبادرة التي تم طرحها للمصالحة مع الغرب والولاياتالمتحدة كتبت وهو في السجن وتحفظ عليها نزار غراب المحامي وعمي ورفضا عرضها خوفاً على حياته، مؤكداً أن الطرح كان في بداية شهر سبتمبر ولم يكن مرتبطاً بعرض الفيلم المسيء للرسول صلى الله عليه وسلم. ضوابط المبادرة والصلح وفي تفاصيل المبادرة، أكد أن هناك ضوابط شرعية لأول مرة، وهو أن يأتي الصلح في مصلحة المسلمين وليس ضد مصلحتهم. وأضاف أن الصلح يجب ألا يكون شرطاً لاستمرار الاحتلال للدول الإسلامية وهو ما تم علاجه في المبادرة. كما لفت إلى أن الصلح يجب ألا يكون لمدى الحياة لأن العديد من المتغيرات يمكن أن تطرأ في المستقبل، ما يفرض التعديل. وإذ كشف أنه لم يقبل مبادرة الصلح مع الدولة المصرية لأنها لم تكن على الشرط الشرعي وكانت إملاءات من الدولة وكان فحواها يتضمن سلب كل حقوقنا ومخالفاً لشرع الله.. شدد على أن المبادرة التي يعمل عليها تصب في مصلحة الإسلام والأمة والأهم "اتباعها لشرع الله"، بحسب وصفه. وفي حين رفض الربط بين طرح المبادرة وزيارة الرئيس محمد مرسي للولايات المتحدة، أكد أنها موضوعة منذ فترة طويلة، إلا أنها لم تطرح إلا في العاشر من سبتمبر، ولكن الظروف حالت دون إبرازها، مضيفاً أنه لم يتم التنسيق فيها مع أي من القوى الإسلامية في مصر لأنها ليست طرفاً في الصراع. وشدد على أنه تعرض للعديد من المحاكمات الظالمة سواء في القضاء العادي أو الاستثنائي ولم يتم إثبات أي تهمة عليه، كما أبدى استعداده للمناظرة مع أي من العلماء بشأن المبادرة، لأن كل ما تحتويه لا يخالف شرع الله. إلى ذلك، كشف أنه تعرض للتهديد من قبل أمن الدولة، وطلبوا منه عدم الرد على مبادرة الجماعة الإسلامية، مشيراً إلى أن أمن الدولة كان يريد أن يستمر الإرهاب لاستمرار قوته ولم يسع أي منهم لحل القضية، وهو ما واجه به علاء الحسيني أحد ضباط أمن الدولة وطلب مناظرته. وأكد أن الديمقراطية التي تعيد السيادة للشعب مرفوضة لأنها ضد شرع الله، ويجب ألا تستعمل إلا لإعادة شرع الله فقط، مشيراً إلى أن حكم "قطع اليد" كما أمر الله يجب أن ينفذ في حال جوازه. كما شدد على صحة الفكر الجهادي، داعياً إلى العودة إلى دين الله، ومن ضمن الدين باب الجهاد، والدعوة لم تكن للجهاد فقط وإنما لصحيح الدين وعبادة الله بصورة صحيحة. وانتقد الحملات التي تم توجيهها لأصحاب الفكر الجهادي السلفي، حيث تم القبض على عدد كبير منهم وثبت عدم وجود أي أدلة. من جهة أخرى، وصف القواعد الأمريكية في الدول العربية والإسلامية بالاحتلال، معلناً أن وجودها أتى ضد رغبة الدول الإسلامية.