لم تقتصر ردود الأفعال الغاضبة التي أثارتها انتقادات رئيس الوزراء التركي، رجب طيب أردوغان، إلى شيخ الأزهر، أحمد الطيب، على المسلمين فقط، بل امتدت إلى الكنائس والهيئات القبطية، التي شكلت ما يمكن وصفه ب"حائط صد"، للدفاع عن إمام أكبر مؤسسة دينية للمسلمين في مصر. وفي خضم الردود الرسمية الصادرة عن رئاسة الجمهورية ووزارة الخارجية المصرية، على تصريحات أردوغان، التي قال فيها إن مشهد وقوف الطيب إلى جانب من أسماهم رئيس الحكومة التركية ب"الانقلابيين"، قد أصابه ب"خيبة أمل"، توالت ردود الأفعال على ما اعتبر "تطاولاً" بحق شيخ الأزهر. وفي محاولة للتضامن مع شيخ الأزهر، إزاء ما تعرض له من انتقادات من جانب رئيس الحكومة التركية، أجرى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، تواضروس الثاني، اتصالاً هاتفياً مع الدكتور الطيب، الثلاثاء 27 اغسطس 2013، أكد خلاله تقديره لشيخ الأزهر، ورفضه لأي إساءة له. وذكر سكرتير البابا، القمص أنجليوس إسحاق، أن "البابا تواضروس أعرب خلال الاتصال، عن رفضه الشديد، وأسفه على التطاول من قبل رئيس وزراء تركيا، رجب طيب أردوغان، على شيخ الأزهر، الذي يعد أحد الرموز الوطنية المخلصة، وصمام الأمان في مصر." كما أعرب البابا تواضروس، بحسب المتحدث نفسه، عن رفضه لأي تدخل خارجي في شؤون مصر الداخلية، وأوضح أنه "عندما جاءت ثورة 30 يونيو (حزيران) العظيمة، كان لابد للأزهر والكنيسة أن يساندا الشعب المصري والجيش والشرطة، وهذا دفع كثيرين من الخارج لأن يتطاولا عليهما." كما نقل القمص أنجليوس عن البابا تواضروس، وبحسب ما أورد موقع "أخبار مصر"، نقلاً عن وكالة أنباء الشرق الأوسط، قوله: "لن تتأثر رموزنا الدينية والوطنية بكل هذه التطاولات، ونحن ننكر دائماً الإساءة والتطاول على رموزنا الوطنية والدينية." إلى ذلك، استنكرت "الهيئة القبطية الإنجيلية للخدمات الاجتماعية" ما وصفته ب"تطاول" رئيس الوزراء التركي على شيخ الأزهر، وقال نائب رئيس الطائفة الإنجيلية بمصر ومدير عام الهيئة، القس أندريه زكي، في بيان له الثلاثاء، إن "شيخ الأزهر قامة دينية، لها ثقلها، ليس في مصر وحدها، بل في العالم كله." وبينما أكد زكي أن "الهيئة ترفض أي تدخل أو تطاول على مصر، وأي من قياداتها، سواء كانت سياسية أو دينية أو شعبية"، فقد اعتبر أن "تطاول أردوغان على شيخ الأزهر، يمثل تمادياً وتطاولاً في حق جميع المصريين، المسلمين والمسيحيين، ويتجاوز كافة حدود اللياقة والحنكة السياسية.