كشفت صحيفة "هاآرتس" الصهيونية، أن السبب الرئيسي وراء التوتر الحاصل بين مؤسسة الرئاسة من جهة والجيش المصري من جهة أخرى، هو قيام الخبراء العسكريين بتدمير الأنفاق الواصلة بين مصر وقطاع غزة دون الرجوع للرئيس. وقال محرر الشؤون العربية بالصحيفة الصهيونية تسفي برئيل في مقال بالصحيفة إن الخبراء العسكريين في القاهرة دمروا الأنفاق بصورة يستحيل هندسياً معها أن تعود للعمل من جديد، الأمر الذي أغضب حركة حماس وبشدة، وهو ما دفعها إلى إرسال رسالة، -والحديث لبرئيل- تشير إلى أن قيام الجيش بتدمير الأنفاق يمس وبصورة سلبية بسكان قطاع غزة ويساعد الكيان الصهيوني. وأوضح برئيل أن السبب الرئيسي وراء الخلاف بين الرئاسة والجيش بدأ في نهاية العام الماضي وتحديداً مع إقرار الدستور، وعند هذه النقطة تحديداً يقول برئيل "بادر وزير الدفاع عبد الفتاح السيسي إلى لقاء مع قادة حركات المعارضة لبدء حوار وطني معها، ورأى الرئيس محمد مرسي في هذه الخطوة تدخلاً لا يُطاق في إدارة شؤون الدولة، وطلب من السيسي عدم عقد اللقاء، واستجاب السيسي ولكنه لم يصمت، حيث عاد بعدها بعدة أسابيع ليحذِّر علانيةً من أن استمرار الاضطرابات قد يؤدي إلى انهيار مصر". الأهم من هذا أن الرئيس وعندما بادر إلى عقد حوار مع حركات المعارضة، اصطدم باشتراط جبهة الإنقاذ حضور هذا الحوار بشرط أن تكون قيادة الجيش حاضرة ومشرفة عليه، الأمر الذي أغضب الرئيس الذي رأى في هذا الطلب مساً خطيراً بمكانته بل محاولة لإقامة مرجعية بديلة من خلال الجيش. ويقول برئيل "نتيجة لما سبق تصاعد الشك والخلاف بين الرئاسة والجيش، حتى إن بعضاً من قادة الإخوان المسلمين حذروا الرئيس من أنه إذا لم يكبح تدخل الجيش في الحياة السياسية، فإنه قد يجد نفسه معرضاً لانقلاب عسكري من الممكن أن يحصل في أي وقت".