أيد عدد من الخبراء والسياسيين قرارات الرئيس محمد مرسي التي اتخذها بتعيين اللواء محمد أحمد زكي قائدا للحرس الجمهوري ومحمد أحمد شحاتة قائما بأعمال مدير المخابرات العامة وإحالة اللواء مراد موافي للمعاش ، وإقالة محافظ شمال سيناء، وتولي المشير طنطاوي تعيين قائد جديد للشرطة العسكرية. وأكد يسري العزباوي الخبير بمركز الأهرام للدراسات الاستراتيجية، أن القرارات التي اتخذها الرئيس محمد مرسي هي رد فعل طبيعي على أحداث رفح، لأن الحدث كان كبيرا وأوجع الكثير من المصريين، مشيرا إلى أنه تخلص من بعض أصابع الدولة العميقة والبدء في تطهير البلاد، وأضاف أن الرئيس اتخذ هذه القرارات بنفسه دون التنسيق مع المجلس العسكري كما يدعي بعض السياسيين. وتابع «ان الرئيس لم يستطع إقالة المشير طنطاوي لأن الاعلان الدستوري لا يعطي صلاحيات للرئيس بالتحكم في المؤسسة العسكرية». من جانبه أعلن عاصم عبد الماجد القيادي بالجماعة الإسلامية، تأييده للقرارات التي اتخذها الدكتور محمد مرسي، مؤكدا أن هذه القرارات من صميم صلاحيات رئيس الجمهورية، موضحاً أن هذه القرارات تأتى فى ضوء تعديلات إدارية تسهل نجاح مشروع الرئيس الذى انتخب من أجله، معتبراً أن هذه القرارات جانب فى مواجهة تحركات مريبة من قوى الثورة المضادة. وطالب عبد الماجد كل المسئولين فى الدولة المحسوبين على النظام القديم أن يستجيبوا لتعليمات الرئيس، وإلا فليتوقعوا إقالات مماثلة. وأكد الباحث السياسي عمار علي حسن، أن قرارات الرئيس مرسي التي تضمنت إقالة مدير المخابرات ومحافظ شمال سيناء والمطالبة بإقالة قائد الشرطة العسكرية جاءت نتيجة سببين أولهما لما حدث في سيناء والثاني بسبب عدم تمكين مرسي من حضور الجنازة العسكرية لشهداء القوات المسلحة على الحدود. وأوضح عمار أن القرارات لم يتخذها مرسي منفردا بل جاءت بعد تنسيق بينه وبين المجلس العسكري لما في الإعلان المكمل من بنود تمنعه من اتخاذ تلك القرارات دون موافقة المجلس العسكري، موضحاً أن القرارات لم يعترض عليها العسكري لما يمتلكه من إمكانية استبدال تلك القيادات بقيادات أخرى تدين بالولاء للمجلس. كما أيد الأديب والروائي علاء الأسواني قرارات الرئيس محمد مرسى باستبعاد قائد الحرس الجمهورى وقائد الشرطة العسكرية والمخابرات العامة ومحافظ شمال سيناء. وأضاف عبر حسابه الشخصى على «تويتر» : أؤيد قرارات الرئيس مرسي كبداية لتطهير حقيقي لجهاز دولة مبارك.