يواجه 4 مذيعين من قناة الجزيرة تهم دعم التنظيمات المتطرفة والإرهاب، وكذلك نشر الفوضى في بعض الدول العربية والإسلامية، خلال مهام مشبوهة تورطوا فيها أدت بهم إلى السجن والمحاكمة. ويأتي ذلك بعد تخليهم عن المهنية الإعلامية واستغلالهم لمواقعهم الإعلامية والتسهيلات التي تقدم لهم تحت غطاء حرية الصحافة، بدعم الجماعات المتطرفة ومحاولة نشر الفوضى وخاصة في مصر، إضافة إلى مهاجمة الأنظمة العربية. تيسير علوني لم تكن علاقة مذيعي الجزيرة بالإرهاب ونشر الفوضى حديثة عهد، فالأمر يعود إلى عام 2001 أثناء الحرب على القاعدة في أفغانستان، إذ قصفت قوات التحالف مكتب الجزيرة الذي يعمل فيه المراسل الصحفي تيسير علوني سوري الجنسية، وذلك قبل ساعات قليلة من دخول قوات التحالف العاصمة كابول، فتوجه تيسير علوني بعد أفغانستان إلى قطر. وفي مارس 2003 توجه إلى بغداد لتغطية أحداث الحرب العراقية، وفي سبتمبر 2003 اعتقل علوني من قبل السلطات الإسبانية بعد عودته إلى إسبانيا في إجازة لزيارة عائلته، وذلك بتهمة إساءة استخدام موقعه كصحفي للقيام بمقابلة صحفية مع أسامة بن لادن، وتم الإفراج عنه بكفالة لأسباب صحية بعد حوالي شهر من اعتقاله. وفي سبتمبر 2005 تم الحكم عليه من قبل المحكمة الإسبانية بالسجن لمدة 7 سنوات بتهمة التعاون مع خلايا إرهابية وإجراء المقابلات والاتصال مع منظمة القاعدة، وفي شهر مارس من عام 2012 أفرج عن علوني وبعد الإفراج عنه ذهب إلى قطر، ووسط استقبال حافل له أعلن أنه يدعم الربيع العربي بحسب صحيفة الوطن السعودية. أحمد منصور أصدرت الجهات المختصة في مصر حكماً على مذيع الجزيرة أحمد منصور الذي يحمل الجنسيتين المصرية والبريطانية بالسجن ما يصل إلى 15 عاماً غيابياً العام الماضي، بتهمة تعذيب محام في ميدان التحرير إبان ثورة 25 يناير 2011. وفي يونيو 2015 أوقفت الشرطة الألمانية الصحفي في قناة الجزيرة أحمد منصور في مطار تيجال في برلين، بناء على قرار ملاحقة من منظمة الشرطة الجنائية الدولية، على خلفية تهم ذات طبيعة جنائية، وبناء على مذكرة توقيف مصرية إلا أنه أطلق سراحه، بعد أن قرر المدعي العام الألماني في برلين عدم الاستجابة لطلب إنابة قضائية مقدم من مصر. وقالت مصادر إن علاقة منصور بجماعة الإخوان بدأت معهم وهو في ال 15 من عمره، حيث كان على خلاف دائم مع أبيه مما جعله يقضي معظم وقته في النشاطات الثقافية والرياضية التي تنظمها جماعة الإخوان وكان على اتصال دائم معهم وساعدوه كثيراً لكي يصل إلى ما هو عليه. محمود حسين اتهمت الجهات المختصة في مصر معد قناة الجزيرة محمود حسين الذي عمل مع مكتب الجزيرة بالقاهرة حتى إغلاقه عام 2013، حيث انتقل للعمل بغرفة الأخبار في الدوحة بالمشاركة في مخطط لإثارة الفوضى في مصر عن طريق بث أخبار كاذبة. وبعد القبض عليه أمرت محكمة أمن الدولة العليا المصرية بحبسه لمدة 15 يوماً احتياطياً على ذمة التحقيقات التي أجريت معه، بعد توجيه اتهامات له ببث مواد إعلامية ملفقة أخبار كاذبة، بإيعاز من إدارة القناة القطرية، تستهدف التحريض على الدولة المصرية ومؤسساتها. وكما تم التحقيق مع محمود حسين، حول تهمة تورطه في إنتاج عدد كبير من الفيديوهات المفبركة عن الشارع المصري ودأب المتهم على فبركتها وإرسالها إلى القناة المعادية للدولة المصرية، لتشويه صورة مصر داخلياً وخارجياً. سامي الحاج في عام 2001 تم القبض على مصور الجزيرة سامي الحاج أثناء محاولته عبور الحدود الباكستانية الأفغانية بعد وجود معلومات استخباراتية من قبل باكستان تتهمه بارتباطه بتنظيم القاعدة، وتم نقله من باكستان إلى أفغانستان ثم إلى معتقل غوانتانامو، وتم استجوابه حول تفاصيل تتعلق بأطقم عمل شبكة الجزيرة وسياستها والعمليات التي يقومون بها. وفي مايو 2005 تم إطلاق سراح الحاج وعاد إلى السودان على إحدى النقالات الطبية بعد مطالبات جماعات حقوق الإنسان والحكومة السودانية، وعاد إلى قطر مرة أخرى.