تشرف الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي ومن خلال الإدارات المختصة على ضخ مياه زمزم المباركة من بئر زمزم عبر مضخات ذات قدرات عالية مزوده بأشعة فوق بنفسجية وتمر المياه المباركة عبر أنابيب من مادة (الاستانليستيل) غير قابل للصدأ إلى محطات التبريد فيها ومنها إلى المسجد الحرام والى خزانات التجميع التي يضخ منها إلى نقاط التوزيع والتعبئة في المسجد النبوي . وتولي الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي وبتوجيهات من القيادة الحكيمة مياه زمزم أهمية بالغة فيتم على مدار الساعة مراقبة مستوى الضخ من البئر ، كذلك اخذ عينات عشوائية من مخارج الماء والحافظات يتم تحليلها عدة مرات يوميا بالتعاون مع الجهات المختصة في هذا المجال كما يتم تعقيم الحافظات آلياً ويدوياً يومياً . وبفضل الله سبحانه وتعالى ثم بفضل الجهود المبذولة وتوخي أقصى درجات الحرص والالتزام بالمعايير لم تسجل أي معلومات تدعو للقلق كما تهيب الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي بالمواطنين والمقيمين التأكد من توفر الشروط والمواصفات المطلوبة للتخزين حيث أن سوء التخزين والتعرض للشمس وعدم نظافة الأوعية وملامسة الأيدي قد تؤثر على تركيبته .