تعتبر الطماطم مصدرا رئيسيا لمادة الليكوبين المضاد للأكسدة، والتي تعطي الثمار لونها الزاهي، كما تحتوي على مادة بيتا كاروتين وحامض الكلورجينيك. وتمنح مادة بيتا كاروتين الطماطم صبغة حمراء برتقالية اللون تحتوي على فيتامين أ، وهو جيد للبشرة ونظام المناعة إذا ما تم تناوله بمستويات منخفضة، ويمكن أن تصبح سامة إذا احتوت مستويات عليا من بيتا كاروتين. وتعد الطماطم من الثمار ذات الحموضة العالية، لاحتوائها على حامض الماليك وحامض الستريك، ويمكن أن يتسبب استهلاك كميات كبيرة من الطماطم لحموضة المعدة وحروق في القلب. وينصح الأطباء الذين يعانون من مشكلات في الهضم ألا يتناولوا الكثير من الطماطم، كما أن الكثير منها يمكن أن يؤدي إلى تراكم الحصى في الكلى، ويرجع ذلك إلى أن ثمرة الطمام غنية بالكالسيوم والأكسالات.