يشير عدد من الدراسات إلى أن فوائد الشوكولاتة الداكنة تأتي من تأثيرها الإيجابي على الصحة، حيث تحتوي على مادة الفلافونويد flavonoids، التي تعمل كمضاد للأكسدة، التي تحمي الجسم من الشيخوخة، كونها تحتوي على عدد كبير من المواد المضادة للأكسدة (حوالي ثلاثة أضعاف الموجود في بعض أنواع الشاي، وثمانية أضعاف العدد الموجود في الفراولة). واستخدمت مركبات الفلافونويد لعلاج فقر الدم، وحصى الكلى، وفقدان الشهية. وهناك نوعان من الفلافونويد – كاتشين و epicarechins، وقد وجد أن هذه المواد قد تخفف من بعض أعراض السرطان. والشوكولاتة السوداء تحتوي على بعض الفيتامينات والمعادن التالية في تركيزات عالية: النحاس، والبوتاسيوم، اللذين يساعدان في منع السكتة الدماغية وأمراض القلب والأوعية الدموية. الحديد في الشوكولاتة يحمي من فقر الدم الناجم عن نقص الحديد، والمغنيسيوم في الشوكولاتة يساعد على منع السكري من النوع الثاني (السكر الشيخي)، وارتفاع ضغط الدم وأمراض القلب. وقد وجد في أغلب الدراسات أن الشوكولاتة الداكنة لها دور في خفض ضغط الدم، وأيضاً خفض مستوى الكوليستيرول بنسبة تصل إلى 10%. أيضاً، ولها دور في المحافظة على مستوى السكر في الدم للمرضى المصابين بالسكري، لأن لديها مؤشر للسكر منخفض (Low glycimic index) مماثل للموجود في الشوفان. وبالإضافة إلى أنها تساعد في منع الإصابة بالقرحة، اكتشف المتخصصون أن مضادات الأكسدة الموجودة في الشوكولاتة تضاهي تلك الموجودة في الأدوية المضادة للقرح. كما أن لها فوائد أخرى، كونها تعطي شعوراً بالمتعة، لأنها تحفز على إنتاج مادة الأندروفين في الجسم. وتحتوي أيضاً على مادة السيروتونين serotonin الذي يقوم بدور مضاد للاكتئاب. كما أوضح اختصاصيو التغذية والسمنة وعلاج الألم أن سرالإحساس بالابتهاج والراحة النفسية بعد تناول الشوكولاتة يرجع إلى مادة الكافيين الموجودة فيها، التي تعتبر منشطاً فعالاً للجهاز العصبي، وعاملاً مهماً يخلصه من التعب والإجهاد، فيتولد على الفور إحساس بالراحة والهدوء والسعادة. كما أثبتت الأبحاث العلمية أن الشوكولاتة السوداء تحتوي على مادة الثيوبرومين theobtomine، التي تعمل على وقاية الأسنان من التحلل، من خلال قتل البكتيريا المسببة لتحلل الأسنان. وأظهرت دراسة جديدة لعلماء جامعة أمبريال كوليج لندن أن استهلاك الشوكولاتة الداكنة بشكل يومي قد يقي المرضى من تعقيدات تليف الكبد، التي قد تؤدي لزيادة خطر النزيف الناتج عن ارتفاع ضغط الدم في الأوردة المغذية للكبد بالدم، وتمزقها.