صدر عن دار الفارابي للأستاذ إسحاق الشيخ يعقوب كتاب جديد بعنوان "هكذا تكلمت المعتزلة عقلاً". ومن مقدمة الكتاب: "وقبل أن يحلّ الفكر المعتزلي تاريخياً بيننا، كانت السلطة المطلقة للنقل.. وكان العقل يعيش على هامش كل ما هو منقول!! ويعود الفضل تاريخياً للمعتزلة الذين أطلقوا العقل الإسلامي من قمقم النقل وفتحوا أبواب نصوص الدين والدنيا على مصاريعها، فكان أن تحررت نصوص العقول من سلطة نصوص المنقول، وأخذت ثوابته تتفكك شيئاً.. فشيئاً أمام حراك العقول!! وحتى يومنا هذا لا يزال جدل الفكر الثقافي بين المثقفين يأخذ مداه، ويحتل مساحة واسعة في حياتنا المادية والفكرية بين اللاهوت والناسوت في الدول الإسلامية قاطبة.." وضع يعقوب أكثر من كتاب في مجال الدراسات الفكرية والنقدية منذ أول كتبه "مطارحات فكرية (مجلدان) 1960"، "قضايا سعودية" (1960)، وكتاب في الثقافة والنقد(2001)، وبصمات وجدانية (2001)، والعلمانية طريق التقدم (2004)، وكتاب ما الليبرالية؟ (2007)، والإرهاب في جزيرة العرب "2008". وأما في مجال السيرة الغيرية عن شخصيات سعودية مثل حمد الجاسر في "موج البحر" (2001)، وعبدالعزيز المعمر: ذاكرة وطن (2005)، ووضع أربعة مجلدات بعنوان "وجوه في مصابيح الذاكرة (2001-2011)، ووضع سيرته الذاتية – وهي سير جيل الخمسينيات والستينيات - في مجلدين بعنوان "إني أشم رائحة مريم (2002-2010)، وألحقها بجزء ثالث "المساءلة (2011).