بدأ الفريق النجراني موسمه الرياضي المنقضي بمشاكل عدة؛ وكانت الافتتاحية مع مدربه المقدوني جوكيكا فبعد أن أبرمت معه الإدارة النجرانية عقداً يقضي بتجديد الثقة وتوليه زمام التدريب لمدة عام آخر وكان من ضمن بنود الاتفاق المبرم بينه والإدارة النجرانية وهي في "حال تأخر تسلمه مقدم عقده لمدة ثلاثة شهور وتسديد الدفعات" حسب البند المرفق بالعقد فإن العقد يعتبر لاغياً؛ وعلى ضوء تلك الثغرة أبرم جوكيكا عقداً تدريبياً جديداً مع إدارة التعاون مستغلاً تلك الهفوة لتتفجر بعد ذلك مشكلة المدرب التي أخذت مداً وجزراً؛ بعد أن أبلغت إدارة نجران بهروبه كونها هي من استقدم المدرب، لتقوم إدارة التعاون بمخاطبة إدارة نجران التي رفضت التنازل عن المدرب إلا بعد أن يتنازل عن مستحقاته وهو الأمر الذي رفضه معتبرا أنها حق خاص ولايحق لإدارة نجران مطالبته بها واعتبرها وسيلة ضغط رداً على توقيعه للتعاون؛ وإدارة التعاون بدورها حاولت نقل أوراقه باسم ناديها إلا أن المحاولات باءت بالفشل مما حال دون إقامة معسكراً خارجياً ووقع جوكيكا في حرج بسبب البلاغ الذي حال دون مغادرته البلاد لمقدونيا لزيارة عائلته مما دفعه للبكاء غير مرة وبعد أخذ ورد في قضية طالت رغم مطالبات التعاون بحل المشكلة وهو الأمر الذي حدث في النهاية، ولم يمر وقت طويل بعد حلها حتى فسخ التعاون عقد جوكيكا في منتصف الدور الثاني من منافسات دوري "زين" ليعود مجدداً لتولي مهمة تدريب نجران. المشاكل المادية أحرجت الإدارة وعودة «الطير» أثرت الفريق إضراب اللاعبين واجه الفريق النجراني مشكلة أخرى بإضراب لاعبيه عن التدريبات بسبب عدم تسلمهم مستحقاتهم المتأخرة لأكثر من سبعة أشهر قبل أن يتدخل أمير منطقة نجران مشعل بن عبدالله ويدعم خزينة النادي لتسوية الأمور المادية ولم يمض شهران إلا وتكررت الحادثة بسبب الأمور ذاتها بعد رفض اللاعبين أداء التدريبات اليومية احتجاجاً على عدم وفاء الإدارة بتسليم الرواتب التي تجاوزت الأشهر الخمسة، وحضر أغلبهم بملابسه الرسمية دون الدخول في التدريبات وحاولت إدارة النادي والجهاز الإداري إقناع اللاعبين بحل الإشكالية إلا أن المحاولات فشلت. استقالة آل مريح أبعد رئيس النادي صالح آل مريح الحسن اليامي الذي كان مشرفاً على الفريق وذلك بسبب خلافات شخصية حسبما تواترت الأقاويل؛ وكان ضربة موجعة للفريق خصوصاً وأنه القائد الخبير المحتضن لكافة العثرات النجرانية، الأمر الذي دفع الجماهير للاستياء والغضب العارم بسبب ذلك القرار التي وصفته بغير الصائب. وفي منتصف الموسم الرياضي أعلن رئيس نجران المهندس صالح آل مريح تقديم استقالته رسمياً بعد أن أصبح شخصاً غير مرغوب فيه في نادي نجران، محملاً بعض الشخصيات ذات النفوذ بعض الإشاعات ضده، وتمنى التوفيق لنائبه هذيل آل شرمة والذي تولى رئاسة النادي خلفه، وبعد تولي هذيل آل شرمة رئاسة النادي نجح بإعادة اليامي مرة أخرى كمشرف للفريق وعادت روح الفريق والحماس الذي عهد عن لاعبيه وبدأت الجماهير بالحضور الكثيف في كل مباراة لمعرفتها بقدرات الحسن اليامي على بث روح الحماس واحتواء المشاكل حتى ظهر الفريق بالفعل بروح مغايرة وشارك خارجياً لأول مرة في تاريخه كأبرز الانجازات. صفقات اجنبية مميزة أبرمت إدارة النادي صفقات مميزة مع نخبة من اللاعبين الأجانب وهم السوريان جهاد الحسين ووائل عيان والأردني حمزة الدردور والجزائري فريد شكلام كما وقعت مع عدد من اللاعبين المحليين، ولفت لاعبو نجران الأجانب الأنظار وربما كان الحسين الأبرز وهو المتواجد مع الفريق منذ الموسم الذي سبقه وقدم ولايزال يعطي مستويات لافتة؛ بل يعد مهندس وصمام الفريق بل وحاسم لأغلب الاهداف التي يسجلها نجران. وفي الوقت الذي لم تنجح فيه صفقتا اللاعبين المحليين مازن السديري من الوطني ومازن المولد من ضمك إذ لم ينتظما مع الفريق وغادرا قبل انطلاق الجولة الأولى نجح النجرانيون في صفقات محلية أخرى إذ استفاد الفريق من صاحب العبدالله وحسن الراهب ومحمود معاذ كأفضل الصفقات التي عقدت في الفترة الثانية محلياً كما كسب توقيع علي الزبيدي وسلمان حريري وموسى الشمري ومثلوا الفريق، ولكن ادارة نجران واجهت مشكلة كبيرة حينما منع الخماسي الزبيدي وحريري والشمري ونواف الصحبي وبندر فارس مهري من المشاركة مع الفريق في بعض مباريات الدور الثاني من الدوري حتى تسدد ديون لاعب الفريق السابق بدر الحقباني. المركز العاشر حل نجران في المركز العاشر في الدوري برصيد (25) نقطة من فوز في ست مباريات وتعادل في سبع وذلك بعد موسم مثير من البداية ومشاكل عدة واجهت الفريق لو تعرض لها فريق آخر لربما قبع في المركز الأخير ومن ثم هبط، ولكن حكمة رئيس الفريق الجديد وعلاقاته التي حسنها مع الاندية وحكمته مع اللاعبين وسياسته التي جلبت الدعم ساهمت في حل المعضلة الأبرز في مسيرة نجران مما جعله مطلباً لسنوات عدة يتولى فيها زمام أمور إدارة النادي. المشاركة الخليجية الانجاز الأبرز أهم إنجاز حققه الفريق النجراني منذ صعوده لدوري "زين" قبل سنوات عدة هو المشاركة في البطولة الخليجية الثامنة والعشرين بعد تحقيقه المركز السابع في دوري زين للمحترفيين للموسم الرياضي 2012م وعلى ضوء ذلك تأهل برفقة الفيصلي صاحب المركز الثامن، وقدم نجران أداء جيداً في البطولة وأقصى رفيقه الفيصلي من دور الثمانية بهدفي وائل عيان وحمزة الدردور، ووصل لدور الاربعة وواجه بني ياس الاماراتي وكسب مباراة الذهاب على ملعبه بهدف دون مقابل سجله متعب النجراني، ولكن فريق بني ياس أنهى مغامرة نجران في مباراة الإياب في الامارات وفاز بنتيجة 2 - صفر سجلهما السنغالي سنغاهور والمصري محمد أبو تريكة. وترك النجرانيون أثراً طيباً لدى النقاد والمتابعين نظراً لكون البطولة اتت وسط منافسات الدوري ولم يقم لها معسكر خاص.