تبلغ نسبة إصابة الكلى لدى مرضى الذئبة أكثر من 50% من حامليّ المرض، كما أنه يحدث في السنوات الأولى من التشخيص، وتختلف شدته من شخص لآخر تتراوح بين الخفيف الذي ليس له أعراض تذكر، ويكتشف عن طريق عينة من الكليه الى الشديد الذي يؤدي لقصورحاد في وظائف الكلى والحاجة للغسيل الكلوي. ومن أعراضه: إرتفاع ضغط الدم أكثر 90/140، وانتفاخ في الجسم وخصوصا في الساقين والوجه وحول العينين وأحيانا زياده في الوزن وصعوبة في التنفس وذلك بسبب زيادة تجمع السوائل، وخمول وتعب عام في الجسم، نقصان في الشهية وغثيان وتقيؤ بسبب قصور في وظائف الكلى وتجمع حمض اليوريا في الدم، تغيرات في البول إما أن يميل لونه للإحمرار او ظهور الدم الواضح ، أو يكون كرغوة الصابون وذلك لوجود الزلال (البروتينات) وفي الحالات الشديدة تقل كمية البول، ولكن ليس هناك أعراضا واضحه دائما خصوصا في بدايته لذا يجب الفحص الدوري بانتظام لضغط الدم للتأكد من عدم ارتفاعه، وتحليل البول للكشف عن وجود دم أو زلال، وتحليل دم للكشف عن أي قصور في وظائف الكلى وذلك للكشف عن التهاب الكلى مبكرا، وعند وجود هذه الدلالات يجب أخذ عينه من الكلى وهي الطريقة الوحيده للتأكد من إصابة الكلى بالذئبة وليتم تحديد درجة الالتهاب لأن هذا الأمر يؤثر على نوعية العلاج ومدته، وأنواع الالتهاب تتراوح بين الخفيف وهي الدرجه الأولى او الثانية من تصنيف الإلتهاب والذي يكون علاجه هو علاج الجلد والمفاصل (جرعة صغيره من الكورتيزون ومضادات الملاريا كاالبلاكونيل)، الى المتوسط والشديد وهما الدرجة الثالثة، والرابعة (الأسوأ) والدرجه الخامسة فيحتاج الى علاج قوي لتهبيط المناعة لاتقل مدته عن سنتين، بالإضافة للكرتزون وهنا غالبا تكون الأعراض أكثر وضوحا، والنوع الأخير التهاب الدرجة السادسة وهو النوع المتأخر جدا وهو تليف الكلى ويكون المريض غالبا وصل لمرحله غسيل الكلى، أما العلاجات المستخدمة لمرضى الكلى بسبب الذئبة الحمراء فهي كالأتي: مضادات الأنجيوتينسين: (ACE inhibitor and ARB ) هذه الأدوية عبارة عن عائلتين من الأدوية التي تعطى لمرضى القلب و لمرضى ارتفاع ضغط الدم ولكنها مهمة جدا لمرضى الكلى حيث أنها تقلل من نسبة الزلال في البول وتبطئ من تليف الكلى الذي قد يسببه الالتهاب، يجب التأكد من استقرار وظائف الكلى لأنها قد تسبب قصورا مؤقتا في وظائف الكلى لدى قلة من المرضى كما أنه يجب تحذير المرضى من الأغذية الغنية بالبوتاسيوم (كالتمر والمكسرات والموز) لأن هذه الأدوية مع هذه الأغذية ترفع من نسبة البوتاسيوم في الدم الذي قد يؤدي الى اعتلال في كهرباء القلب، كما أنها ممنوعة على الحامل. الكورتيزون: هو العلاج الأساسي للذئبة في مراحله الأولى وخصوصا للالتهابات من الدرجة المتوسطه للشديده وذلك للحد من شدة الإلتهاب ونشاط المرض ولكنه لا يعالج الالتهابات الكلوية لوحده، وللكورتيزون أعراض جانبية كثيرة إذا استخدم بجرعات كبيرة ولفترات طويلة ويجب على المرضى معرفة أن استخدامه بجرعات كبيرة و لفترات طويلة قد يقلل أو يوقف إفراز الكورتيزون من الغدة جارة الكلوية لذلك فإنه من الخطر إيقاف الدواء فجأة لأنه قد يسبب هبوط حاد بضغط الدم وآلام في البطن وتقيؤ وارتفاع للبوتاسيوم، وقد يحتاج المريض إلى أدوية حموضة لتخفيف آثاره على المعدة وكذلك إلى كالسيوم وفيتامين د ودواء مضاد للهشاشة كالفوساماكس لحماية العظام طالما يأخذ المريض جرعات عالية ولمدد طويلة. الأدوية المثبطة للمناعة علاج التهاب الكلى لدى مرضى الذئبة يتم بطريقتين تعملان عن طريق تثبيط المناعة: الطريقة الأولى هو سايكلوفوسفامايد ويعطى عن طريق الوريد مرة كل شهر لست جرعات غالبا ومن بعد يبدأ مايكوفينوليت (سيل سيبت) وهو الأفضل أو الإزاثيوبرين (الإميوران) لمدة سنتين او أكثر حسب استجابة المرض كي يكون خاملا، وهذه الطريقة الأفضل خصوصا اذا كان إلتهاب الكلى من الدرجة الرابعة الطريقة الثانية هي ان يعطى مايكوفينوليت وتؤخذ أقراصه مرتين يوميا لمدة سنتين على الأقل، أو الإزاثيوبرين والذي كان يؤخذ في السابق قد حل محله سيل سيبت كبديل أفضل ولكنه يمكن أن يعطى للحامل، واختيار اي الطريقتين يعتمد على درجة التهاب الكلى واختيار الطبيب المعالج والمريض.