أوضحت لجنة الشؤون الإسلامية والقضائية بمجلس الشورى أن حالات التباين مع مجلس الوزراء في مشروع نظام الإجراءات الجزائية، شكلية في غالبها وتتعلق بالصياغة تقديماً وتأخيراً، أو بتعديلات لفظية بهدف مزيد من الإيضاح، إلا أنها لم تخلُ أيضاً من التباين في بعض النواحي الموضوعية وإجراء تعديلات عليها وترتب أحكاماً جديدة أو مختلفة عن مشروع النظام الصادر من الشورى في نهاية شهر محرم عام 1431. ورفضت اللجنة القضائية في تقريرها الذي ناقشه الشورى أمس الاثنين، تعديل المادة السادسة والعشرين وحذف كلمة" أعضاء" الواردة في الفقرة السادسة من هذه المادة والتي تعطي الحق لرؤساء وأعضاء مراكز هيئة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر في حدود اختصاصهم، الضبط والتحري، وبررت اللجنة ذلك بأن هؤلاء الأعضاء يباشرون العمل في الميدان والمراكز، وينطلق منها أكثر من دورية مما يتعذر معه أن يكون الرئيس مع كل دورية، كما أن مهمة التحري والضبط تتم تحت إشراف رؤساء المراكز، والنظام أعطى معاوني الضباط وأفراد مكافحة المخدرات حق الضبط، فكذلك هنا حتى لا يكون تفريق بين المتماثلات. وأيَّدت اللجنة تعديل مجلس الوزراء للمادة العاشرة حذف "إجماع" قضاة المحكمة العليا، بتأييد عقوبة القتل تعزيراً ونصت المادة على ( الأحكام الصادرة من محكمة الاستئناف أو المؤيدة منها بالقتل أو الرجم أو القطع أو القصاص في النفس أو فيما دونها، لا تكون نهائية إلا بتأييدها من المحكمة العليا). وعللت اللجنة تأييدها لحذف شرط "الإجماع" بما دلت عليه المدونات الفقهية من عدم وجود اشتراط تحقق الإجماع للحكم بذلك، إضافة إلى ما يترتب على بقاء هذه الفقرة من تعطيل الحكم بالقتل تعزيراً وخاصة في قضايا تهريب وترويج المخدرات وقضايا أمن الدولة. السماح للمحكمة المختصة بزيادة مدد التوقيف لأكثر من أشهر في الحالات الاستثنائية وأضافت اللجنة مبررةً "الحذف"، بالقول ان التعازير خاضعة لاجتهاد العلماء ومنها ماهو نابع من توجيهات سامية أو أوامر ملكية مبنية على قرارات صادرة من هيئات شرعية أو مجامع فقهية كقتل مهرب ومروج المخدرات، ومن يعبث بأمن الدولة أو مصالحها العامة ونحوها، وأن اشتراط الإجماع في تأييد أصحاب الفضيلة قضاة المحكمة العليا قد يتعسر فيجر ذلك على البلاد والعباد شروراً كثيرة. وأكدت اللجنة القضائية أن مصلحة الأمة مقدمة على مصلحة الفرد، وقتل التعزير وعقوبته خاصة بالإمام وله مايراه محققاً للمصلحة. ووافقت اللجنة على إضافة فقرة للمادة التاسعة والستين والتي تعطي للمتهم والمجني عليه والمدعي بالحق الخاص ووكيل كل منهم أو محاميه، أن يحضروا إجراءات التحقيق وفق ماتحدده اللائحة اللازمة لنظام الإجراءات الجزائية، وترى اللجنة أن إضافة هذه الفقرة يضيف مزيداً من المرونة في الإجراء ولا يؤثر على الحق الذي يقرره النص للمتهم. ومن المواد التي أجرى مجلس الوزراء عليها بعض التعديلات ووافقت اللجنة القضائية في الشورى عليها، المادة الرابعة بعد المائة، ليتاح للمحكمة المختصة في الحالات الاستثنائية الموافقة على طلب مدد التوقيف لمدة أطول أو لمدد متعاقبة بحسب ما تراه وان تصدر أمراً قضائياً مسبباً في ذلك . وعللت اللجنة تأييدها بأن التمديد مشروط بالظروف الاستثنائية أولاً ويخضع لقرار المحكمة المختصة ثانياً، كما انه من الثابت لدى اللجنة من خلال الواقع والتطبيق العملي أن مدة التوقيف 6 أشهر غير كافية في الكثير من الجرائم التي تكتنفها ظروف استثنائية لأسباب تخرج في كثير من الأحيان عن إرادة جهات التحقيق، مثل تعدد المتهمين أو هروب بعضهم وتعدد أماكن تنفيذ الجريمة، وصدور التقارير من الأدلة الجنائية أو الطب الشرعي، وغير ذلك. ووافقت قضائية الشورى على تعديل المادة العشرين بعد المائتين، ليكون إصدار اللائحة التنفيذية بقرار من مجلس الوزراء.