اتهمت جماعات المعارضة في جنوب السودان جنودا ومسؤولين بالتلاعب في صناديق الاقتراع وتخويف ممثلي المرشحين والأحزاب خلال عملية فرز الأصوات. وقد أجرى السودان أول انتخابات تنافسية منذ 24 عاما في إطار اتفاق سلام عام 2005 الذي كان مفترضا إن يعيد البلاد المنتجة للنفط إلى المسار الديمقراطي بعد عقود من الحرب الأهلية، وشابت الانتخابات موجة من المقاطعات من أحزاب المعارضة في الشمال. وقال 6 مرشحين مستقلين ومن المعارضة من مختلف أجزاء الجنوب أن أنصارهم تعرضوا للتخويف على أيدي جنود جنوبيين أو مسؤولين من الحركة الشعبية لتحرير السودان المهيمنة في الجنوب خلال فترة التصويت التي استمرت خمسة أيام الأسبوع الماضي وأثناء فرز الأصوات. وقال البينو أكول من حزب جبهة الإنقاذ الديمقراطية المتحدة المعارضة أن تسعة صناديق اقتراع من سبعة مراكز تصويت سرقت وما زالت مفقودة في دائرته، وقال "هذه ليست انتخابات إنما هي مهزلة." وقال أكول انه في خمسة مراكز تصويت في منطقة مالوال بولاية شمال بحر الغزال طرد الجنود ممثلي الأحزاب ثم أشرف على مراكز الاقتراع وحده. ونفى الجيش الشعبي لجنوب السودان التدخل في أي جزء من عملية الاقتراع قائلا أن مرشحي المعارضة يشتكون للتغطية على نتائجهم السيئة في الانتخابات، وقال كول دايم كول المتحدث باسم الجيش "هذه مجرد محاولة لتبرير هزائمهم ... لا دليل على هذا"، ونفى ياسر عرمان المسؤول في الحركة الشعبية لتحرير السودان أيضا الاتهامات وقالت سارة نياناث وهي مستقلة تنافس على منصب حاكم أعالي النيل في منطقة لوجوشوك في الولاية أن مسؤولا حكوميا طرد كل ممثلي الأحزاب من إحدى مراكز الاقتراع قبيل الفرز ثم أضاف 700 صوتا إلى صناديق الاقتراع. ولم يستطع مسؤول عن الانتخابات في جنوب السودان ان يؤكد هذه الرواية لكنه قال أن كثيرا من موظفي مراكز الاقتراع شكوا من مضايقات.