في 25 أكتوبر 2021 تم توقيف الغالبية الساحقة من المسؤولين المدنيين، وبينهم رئيس الوزراء عبدالله حمدوك بعد رفضهم دعم "الانقلاب" الذي قاده قائد الجيش الفريق اول عبدالفتاح البرهان، حينها أعلن البرهان عبر التلفزيون الرسمي حالة الطوارئ بعد حل السلطات الانتقالية وإقالة عدد كبير من أعضاء الحكومة والأعضاء المدنيين في مجلس السيادة المسؤول عن قيادة المرحلة الانتقالية. وعلّقت واشنطن مساعدات بقيمة 700 مليون دولار للسودان. وفي 26 أكتوبر، تظاهر آلاف السودانيين ضد الجيش في الخرطوم وأغلقوا الشوارع، فيما نشرت القوات الأمنية مدرعات على الجسور ومحاور الطرق الرئيسية. وفي المساء، وبعد العديد من الدعوات للإفراج عن رئيس الوزراء الذي كان قائد الجيش يحتجزه في بيته، أعيد عبدالله حمدوك إلى منزله حيث وضع قيد الإقامة الجبرية. وفي 4 نوفمبر وبفعل الضغط الدولي أفرج عن أربعة وزراء. وفي 11 نوفمبر، شكل البرهان مجلس سيادة انتقاليا جديدا استبعد منه أربعة ممثلين لقوى الحرية والتغيير واحتفظ بمنصبه رئيسا للمجلس كما احتفظ الفريق أول محمد حمدان دقلو (حميدتي) قائد قوة الدعم السريع، المتهم بارتكاب تجاوزات إبان الحرب في دارفور وأثناء الانتفاضة ضد البشير، بمنصبه نائبا لرئيس المجلس. وفي 21 نوفمبر، توصّل الفريق أول عبدالفتاح البرهان ورئيس الوزراء عبدالله حمدوك إلى اتفاق بشأن عودة الأخير إلى رئاسة الحكومة السودانية، إلا أن ذلك لم يؤدِ إلى تهدئة الشارع واستمرت التظاهرات في مدن عدة. في اليوم التالي، أطلق سراح الكثير من السياسيين الذين اعتقلوا منذ الانقلاب. وفي مساء الثاني من يناير 2022، أعلن رئيس الوزراء عبدالله حمدوك استقالته بعدما أسفر يوم جديد من الاحتجاجات عن مقتل ثلاثة متظاهرين. سقط مزيد من القتلى خلال الاحتجاجات في الأشهر التالية. وفي 8 يونيو، انطلقت محادثات برعاية الأممالمتحدة قاطعتها الأطراف المدنية الرئيسية ولا سيما قوى الحرية والتغيير، العمود الفقري للحكومة المدنية المقالة إثر الانقلاب، التي وضعت كشرط مسبق إنهاء القمع وإطلاق سراح السجناء السياسيين. فوي الحادي عشر، أرجئت الجولة الثانية من المحادثات إلى أجل غير مسمى. في 21 يوليو، في مواجهة الأزمة الغذائية المتفاقمة في السودان، أعلن البنك الدولي عن منح 100 مليون دولار مقابل "تحويلات مالية وغذائية". في 12 سبتمبر، أعلنت الأممالمتحدة ومنظمة "أنقذوا الأطفال" أن نحو سبعة ملايين طفل سوداني محروم من التعليم وأن نحو 12 مليون طفل يواجه خطر الانقطاع عن التعليم. ويلامس التضخم شهريًا نسبة 200% وقيمة العملة تتراجع وسعر الخبز ازداد عشرة أضعاف منذ الانقلاب. وفي 18 أكتوبر، أعلن زعيم "قوى الحرية والتغيير" خالد عمر يوسف أن مفاوضات غير مباشرة جارية مع الجيش. في 19 و20 أكتوبر، أدّت مواجهات قبلية في ولاية النيل الأزرق بجنوب السودان إلى سقوط 250 قتيلًا. ويعتبر خبراء أن الفراغ الأمني الذي أحدثه الانقلاب شجع على تجدد العنف القبلي. في 5 ديسمبر، وقع اللواء البرهان ودقلو، والعديد من القادة المدنيين وخصوصا من قوى الحرية والتغيير، اتفاقاً لإنهاء الأزمة. وقالت قوى الحرية والتغيير، وهي فصيل مدني رئيسي كان انقلاب البرهان أطاح به، ان الاتفاقد الاطاري يمهد الطريق لتشكيل سلطة مدنية انتقالية. وتم التوقيع في حضور المبعوث الخاص للأمم المتحدة إلى السودان فولكر بيرتس ومحمد بلعيش سفير الاتحاد الافريقي لدى الخرطوم. في 13 أبريل، انتشرت قوات الدعم السريع شبه العسكرية الموالية لدقلو في الخرطوم والمدن الرئيسية. والسبت 15 من أبريل، أعلنت قوات الدعم السريع سيطرتها على مطار الخرطوم الدولي والقصر الجمهوري، إثر اندلاع اشتباكات بينها وبين قوات الجيش. وسمع في الخرطوم دوي قوي لانفجارات واطلاق نار قبل أن تتهم قوات الدعم السريع في بيان الجيش بمهاجمة معسكراتها.