تكثف وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي أعمال تعقيم وتطهير وتهيئة الحرم الشريف من خلال الجهود اليومية التي تقوم بها إدارة التطهير التابعة للإدارة العامة للشؤون الخدمية لضمان سلامة الزائرين والمصلين ، وتقوم الإدارة بتعقيم المصليات داخل الأروقة من خلال أجهزة التعقيم الحديثة وبمواد ذات فاعلية في تعقيم الأسطح والأرضيات والممرات والأبواب من الداخل ، وتتضافر الجهود بين كوادرها البشرية في عمليات التعقيم والتطهير بأفضل وأجود المعقمات والمطهرات الصديقة للبيئة ما يسهم في توفير جو صحي وبيئة آمنة داخل المسجد النبوي ومرافقه، وتوفر الإدارة البراميل الخاصة بالنفايات ، وصناديق الأحذية ، وأيضًا استخدام المعقمات لتعقيم وتطهير ساحات باب السلام والبقيع وباب النساء بكمية تبلغ 6300 لتر وبعدد 9 معدات خاصة بالتعقيم والتطهير ، كما يتم توفير كمية الأكياس الخاصة بحفظ الأحذية والتي تبلغ 18000 كيس تقريباً بما يعادل 20 لفة في اليوم الواحد. وتستخدم الإدارة عدداً من المكائن لغسيل أرضيات الساحات والمواقف والتوسعات يومياً تبلغ 29 مكينة غسيل ، كما بتم توفير كراسي لكبار السن التي تم توزيعها على مداخل الحرم النبوي والتوسعات وأقسام النساء حيث يبلغ عددها 1000 كرسي تقريباً ، ويتم غسل وتعقيم الأرضيات داخل المسجد والتوسعات والساحات الخارجية 10 مرات يومياً من خلال ماكينات خاصة ومزودة بتعقيم وتطهير الأرضيات ، كما تقوم الإدارة بتأمين المكانس الكهربائية لكنس السجاد والتي يبلغ عددها 25 ماكينة ، فيما يبلغ عدد الدواليب الخاصة بالأحذية التي يتم تنظيفها وتعقيمها 2600 دولاب.