تقوم الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي بتنقية هواء التكييف داخل المسجد الحرام تسع مرات يومياً ، وتعقيمه بالأشعة فوق البنفسجية قبل إخراجه إلى أرجاء البيت العتيق، من خلال أجهزة تكييف خاصة . وتكون عملية تنقية الهواء بنسبة 100%، من خلال ثلاث مراحل وهي سحب الهواء الطبيعي من سطح المسجد الحرام بواسطة مراوح السحب ، حيث يكون توجيه الهواء للفلاتر لينقى، والتي يكون تنظيفها يوميا ، ثم يصل إلى وحدات التبريد وهي عبارة عن مرحلة تبريد أولية بعملية التبادل الحراري فيها التي تستخدم الماء للتبريد من خلال مضخات للماء تصل إلى المسجد الحرام من منطقتي الشامية وأجياد، وتكون تنقية الهواء قبل دخوله لعملية التبريد من خلال ثلاثة فلاتر أخرى . بعد ذلك ينقل الهواء إلى وحدات التكييف الثانية لتبريد الهواء مرة أخرى من خلال المبادلات الحرارية ، وتنقى للمرة الثالثة من خلال ثلاثة فلاتر، ثم ينقل إلى مرحلة التعقيم، لتصل عدد مرات تنقية الهواء إلى 9 مرات يومياً ، وتعقيمه مرة واحدة من خلال أجهزة تعقيم تعمل بالأشعة فوق البنفسجية، ثم ينطلق داخل أرجاء البيت العتيق وهذه العملية تضمن سلامة قاصدي وزوار المسجد الحرام، وعدم انتشار أي جراثيم ومكروبات ، حيث روعي عند تفريغ الهواء وإخراجه من داخل المسجد الحرام التصاميم الهندسية في البناء والتشييد عملية إخراج الهواء حيث جعلت جميع التصاميم مفتوحة وغير مغلقة. كما تكون عملية التبريد من خلال 344 وحدة مناولة هواء للتبريد موزعة على موقعين داخل المسجد الحرام، وقامت الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي باستبدال 75% من المبادلات الحرارية في التوسعة السعودية الثانية خلال الأيام الماضية وجاري العمل على استبدال المبادلات المتبقية ضمن خطتها الاحترازية لضمان سلامة قاصدي المسجد الحرام وزواره من انتشار الأوبئة والأمراض بينهم، من خلال فلاتر تنقية الهواء داخل غرف التكييف تنظف بشكل يومي طوال أيام السنة وتستبدل عند الحاجة، وتخضع لعمليات صيانة وتنظيف دقيقة من خلال كوادر هندسية وفنية مؤهلة تأهيلاً عاليًا. وثمة محطتان للتبريد من أكبر محطات التبريد في العالم، الأولى محطة أجياد حيث تنتج 35300 طن تبريد يستخدم منها حوالي 24500 طن تبريد، والثانية المحطة المركزية الجديدة استطاعتها 120 ألف طن تبريد تغذي حاليا التوسعة السعودية الثالثة ، إضافة إلى نصف المسعى على أن تغذي مستقبلًا جميع جنبات المسجد الحرام ومرافقه، كما توفر الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي محطات تبريد احتياطية بجانب المحطات الرئيسية للمحافظة على درجات الحرارة المعينة في حال تعطل أحد المحطات وضمان نقاء الهواء الموزع داخل البيت العتيق.