أعلنت جماعة الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة انتهاء عضوية الدكتور محمد مرسي رئيس مصر الجديد، في الجماعة والحزب، وأن المرشد العام بايع مرسي رئيسا للجمهورية. وقال محمود حسين الأمين العام لجماعة الإخوان المسلمين، في بيان صحفي في أعقاب إعلان فوز مرسي إن "عضوية الدكتور محمد مرسى، الرئيس المنتخب لجمهورية مصر العربية، في جماعة الإخوان المسلمين وذراعها السياسية حزب الحرية والعدالة انتهت بمجرد الإعلان عن نتيجة الانتخابات الرئاسية"، مشيرا إلى أن مرسي سيصبح رئيسًا لكل المصريين. من جانبه قال أحمد غانم، مدير تحرير جريدة "الحرية والعدالة"، ل"العربية.نت": "إن د. محمد بديع، مرشد الإخوان المسلمين أحل د. مرسي من بيعته له وللجماعة، وفي نفس الوقت أعلن المرشد بيعته لمرسي كرئيس لمصر". وأوضح أن بيعة عضو الإخوان للمرشد عبارة عن تعهد بالولاء للجماعة، ويقسم على ذلك، وبما أن الدكتور مرسي أصبح رئيساً لمصر فإن مقتضيات الظرف تقتضي أن يحله المرشد من هذه البيعة. وقبيل إعلان نتيجة الانتخابات التاريخية كان د. مرسي يجلس قلقاً ومترقباً النتيجة، داخل حملته ولم يخرج لإلقاء كلمة فور إعلان فوزه. وكان العديد من خصوم مرسي ومعارضيه يتهمونه بأنه سيكون تابعًا للجماعة في قراراته، وأنه سيتلقى أوامره من مرشد الجماعة وقياداتها، وهو ما نفاه مرسي مرارًا مؤكدًا أنه سيكون رئيسًا لجميع المصريين، وأنه سيعزز دولة المؤسسات.