رفضت باكستان الاتهامات التي وجهها اليها الرئيس الأفغاني حامد كرزاي بأنها تخلصت من نفايات معاملها النووية في أفغانستان ودفنتها في أراضي أفغانية خلال فترة حكم حركة طالبان الأفغانية في عقد التسعينات. وقال المسئول والعالم النووي الباكستاني الدكتور ثمر مبارك أن اتهامات الرئيس الأفغاني عارية من الصحة تماماً، ولا يوجد هناك احتمال لدفن نفايات نووية باكستانية في دولة أخرى، مؤكداً أن باكستان دولة نووية مسئولة وتتخلص من النفايات النووية داخل أراضيها وفقاً لمعايير الوكالة الدولية للطاقة الذرية. وكان الرئيس الأفغاني قد كلف فريقا من الخبراء بالتحقيق في الاتهامات الموجهة إلى باكستان بأنها قامت بدفن نفايات نووية في جبال جنوبي أفغانستان خلال حكم طالبان.ولكن المسئول النووي الباكستاني رفض هذه الاتهامات ووصفها بأنها ليست أكثر من مسألة سياسية وطالب حكومة بلاده بالرد على هذه الاتهامات.