بلغت قيمة الجوائز التي رصدتها وزارة التعليم العالي للفائزين والفائزات في المؤتمر العلمي الثاني 1,5 مليون ريال قسمت على 179 جائزة، حيث خصصت جوائز للأبحاث العلمية بقيمة 498 ألف ريال، وفي الأبحاث المقدمة بطريقة العروض التقديمية مرحلة البكالوريوس استحوذت على 216 ألف ريال تمنح لعشرة فائزين في كل محور من محاور المؤتمر حيث تم تحديد 15 ألف ريال الأول والثاني 12 ألف ريال، والثالث عشرة آلاف ريال، بالإضافة إلى حصول الفائزين بالمراكز الأولى على الريشة الذهبية. ويمنح خمسة فائزين وفائزات في المحاور العلمية في مرحلة الدراسات العليا بمجموع 195 ألف ريال حيث سيحصل الأول على 20 ألف ريال والثاني 15 ألف والثالث 12 ألف ريال، بالإضافة إلى ريشة ذهبية للفائز في كل محور. وخصص 42 ألف في محور الأبحاث المقدمة بطريقة الملصقات، في مرحلة الدراسات العليا حيث يحصل الفائز بالمركز الأول 7 آلاف ريال والثاني 4 آلاف ريال والثالث 3 آلاف ريال، وحددت 45 ألف ريال في مرحلة البكالوريوس وسيحصل صاحب المركز الأول على 5 آلاف ريال، والثاني 4 آلاف ريال والثالث 3 آلاف ريال. وحددت جوائز الابتكارات وبراءات الاختراع بقيمة إجمالية وصلت إلى 104 آلاف ريال، تمنح لعشرة فائزين حيث يحصل الأول على 20 ألف ريال، والثاني 17 ألف ريال، والثالث 15 ألف ريال، بالإضافة إلى ريشة ذهبية للحاصل على المركز الأول، وبلغت جوائز ريادة الأعمال ب 104 آلاف ريال لعشرة فائزين وحددت جائزة قدرها 20 ألف ريال للحاصل على المركز الأول بالإضافة إلى الريشة الذهبية، والثاني 17 ألف ريال والثالث 15 ألف ريال. واستحوذت جوائز الأفلام الوثائقية على 112 آلاف ريال حيث سيحصل الفائز الأول حتى الخامس على 10 آلاف ريال، ومن السادس حتى العاشر على 7،5 الف ريال، فيما حددت 300 الف ريال للمسابقات الفنية حيث وزعت بالتساوي بقيمة 60 الف ريال لرسم والتصوير التشكيلي، والرسم الكاريكاتيري، والخط العربي، والتصوير الضوئي، تقسم على خمسة فائزين بحيث يحصل الفائز على المركز الأول إلى الخامس ب 5 آلاف ريال.