حذر خبراء ومحللون سودانيون ومصريون من عواقب انفصال السودان، فيما بدأ إقبال السودانيين الجنوبيين على التسجيل بمراكز الاستفتاء الثلاثة في القاهرة ضعيفاً. وحذر مشاركون في مؤتمر حول مستقبل العلاقات المصرية-السودانية في ظل احتمال انفصال الجنوب، من إجراء الاستفتاء قبل الانتهاء من ترتيبات ما بعده خصوصاً فيما يتعلق بالحدود والمياه والنفط، كما حذروا من تأثر العلاقات المصرية-السودانية في حال اندلاع الصراع المسلح بين الشمال والجنوب. وحذر الدكتور إبراهيم آدم المستشار الثقافي لسفارة السودان بالقاهرة من المخططات الأجنبية التي تسعى للإضرار بوحدة السودان ونسيجه الاجتماعي، مشيراً إلى وجود خرائط معدة سلفا لتمزيق العالم العربي والإسلامي. وقال: إن السودان بسبب وضعه الاستراتيجي وثرواته فهو في قلب هذه المخططات، وقال: إن تقسيم السودان قد يضر بالأمن العربي. واتفق معه د. أسامة زين العابدين الأستاذ بجامعة النيلين، وقال: إن هناك رغبة ملحة من الكيان الصهيوني في انقسام السودان .