نفى شيخ الأزهر الدكتور احمد الطيب ما تردد عن وجود نية لفصل الكليات العملية في جامعته، وأن جامعة الأزهر تدرس قانوناً يسمح بتدريس الطلاب والطالبات في قاعة واحدة، وإتاحة الفرصة للطلاب غير المسلمين بالدراسة في الجامعة. وقال إن "شيئا من ذلك لم يطرح". وأضاف ان ذلك يتنافى مع نصوص القانون الخاص بالأزهر. واصفا ما تردد حول تلك المواضيع بأنها شائعة تناقلتها الأقلام والألسنة. وأوضح أن التطوير الذي يعكف عليه مجلس الجامعة، لا يمس أسس الأزهر أو هويته، بل يشمل النظم المالية أو الإدارية دون التطرق لنظام الدراسة أو محتواه. وكان رئيس الوزراء المصري الدكتور أحمد نظيف دعا إلى أن يكون لجامعة الأزهر قانون مماثل لقانون تنظيم الجامعات المصرية رقم 49 لسنة 1973، وكذلك دراسة الوضع القانوني لفصل كليات جامعة الأزهر العلمية (الطب والهندسة والعلوم وطب الأسنان والصيدلة) والكليات الإنسانية والتربية، لتستقل في فرع أو جامعة خاصة تابعة لجامعة الأزهر مع الإبقاء على الكليات الشرعية (أصول الدين والشريعة الإسلامية واللغة العربية والدراسات الإسلامية)، كما هي في الجامعة. إضافة إلى إلحاق الاقباط بالكليات العلمية في الازهر. واعتبر علماء الدعوات حول إغلاق جامعة الأزهر أو تحويلها إلى جامعة دينية أو إسلامية فقط، بأنها ثورة علمانيين لا يحبون الدين ولا يريدون لهذا الأمر مظهرًا، ولا يريدون لهذا الدين أن يكون له وجود. يقول الدكتور محمد رأفت عثمان عضو مجمع البحوث الإسلامية إنه يرفض الفصل نهائيًا لأن جامعة الأزهر من قديم الأزل متحدة تحت نسق واحد وأنها ساعدت على تخريج طلبة في تخصصات علمية على جانب عال من الثقافة الإسلامية الوسطية المعتدلة. محذرا من أن هذه الخطوة تعتبر تمهيدا لفصل الكليات العملية نهائيًا عن جامعة الأزهر والاكتفاء فقط بكليات الشريعة والعربية التقليدية، مشيرًا إلى أن هذه الفكرة هي ترديد لما كان ينادي به طه حسين عندما كتب مقالات بجريدة الجمهورية الحكومية تحت عنوان "الخطوة الثانية" والتي دعا فيها إلى فصل الكليات العملية عن كليات الشريعة بجامعة الأزهر. واعتبر عثمان تلك الخطوة بأنها تهدف للقضاء على ثقل الأزهر باعتباره جامعة كبيرة ذات تأثير علمي وشرعي كبيرين، رافضا ربط الاقتراح بأبعاد سياسية. وقال إنه مجرد اقتراح جاء على لسان رئيس الوزراء الدكتور أحمد نظيف للمناداة بالفصل بين الكليات العملية والشريعة بالأزهر، وقال لا أعتقد أ وراءه بُعدا سياسيا لكنه بالطبع قرار خاطئ وسيضر بجامعة الأزهر كليةّ. وتساءل ما الهدف من الفصل إذ إن كل كليات الطب والهندسة موجودة في مختلف الجامعات؟ فإذا تم الفصل فقدت الكليات العملية الأزهرية تميزها بتدريسها المواد الشرعية. كما اعتبر عثمان أن هذه المرحلة التي يمر بها الأزهر هي مجرد أزمة وستنتهي قريبًا، محذرًا من أن الإقدام على هذه الخطوة "فصل الكليات العملية" قد تضر بالأزهر ضررًا بالغًا وتنهي عصور مضت من ازدهاره. أما الدكتور محمد المختار المهدي رئيس هيئة العلماء والرئيس العام للجمعيات الشرعية بمصر فأكد أن هذه القضية أثيرت منذ عامين ورفضت تماما، ولا أدري لماذا يعاد الحديث فيها الآن، ولماذا يقدم للموضوع بأن تدفع الحكومة لوضع 10 ملايين جنيه زيادة في الميزانية، بالإضافة للتنازل عن بعض اختصاصات الوزير لرئيس الجامعة. وأشار الدكتور المهدي إلى أن مثل هذه الأمور تشكك في النوايا وبخاصة أنه لدينا سوابق في هذا الموضوع عندما طالب طه حسين في مقالاته المسماة ب"الخطوة الثانية" بإلغاء الأزهر.