تُعد مكتبة المسجد النبوي الشريف بالمدينةالمنورة من أبرز المعالم التي يضمها المسجد بين جنباته. هذه المكتبة تأسست عام 1352 ه باقتراح من مدير الأوقاف في المدينةالمنورة آنذاك السيد عبيد مدني، وكان أول مدير لها هو السيد أحمد ياسين الخياري. وتضم المكتبة عدداً من الكتب والمخطوطات النادرة التي يعود تاريخ وقفها على المسجد النبوي قبل تاريخ إنشاء المكتبة، مثل مكتبة الشيخ محمد العزيز الوزير التي أوقفت عام 1320ه، وهي من الكتب التي أدخلت في المكتبة بعد تأسيسها. وكانت هناك كتب في الروضة الشريفة على بعضها تاريخ متقدم عن تاريخ تأسيس المكتبة. وقد ذكر صاحب كتاب «خزائن الكتب العربية» أن مكتبة المسجد النبوي الشريف تكونت قبل حريق المسجد النبوي في 13 رمضان عام 886 ه، الذي احترقت فيه خزائن المصاحف والكتب. وكانت تضم الخزائن كتباً نفيسة ومصاحف عظيمة. ومن أقسام المكتبة قاعات المطالعة وقسم المخطوطات والمكتبة الصوتية والقسم الفني والفهرسة والتصنيف والكتب النادرة والمكتبة الرقمية وأقسام أخرى.